對99年10月2日媒體報導指國健局正研擬兩方案拼生育率之新聞，國民健康局特提出澄清，該局表示，獎勵生育之主政機關是內政部，該案係依內政部來函請該局(人工生殖技術與機構的主管機關)就99年9月24日台北醫學大學醫學院曾院長啟瑞於中國時報社論表示若不孕症夫婦可得到補助將對刺激生育率有立竿見影之效，請該局協助估算擴大不孕症患者檢查、治療等相關費用，或補助人工協助生殖技術費用，以便納入該部第44次人口政策委員會議討論或報告。國民健康局鄭重表示，人口政策並非該局權限，該局僅係協助試算、提供資料，並無所謂由該局研擬相關方案之事。
國民健康局應內政部人口政策委員會之要求，就該局人工生殖資料庫進行試算，以提供人口政策委員會開會討論時參考。不過，人工生殖技術之成功率，牽涉卵子與精子之品質、受術夫妻之健康、施術年齡、遺傳因子，及醫療院所之治療團隊能力與技巧等，含多種不可預期之因素；且該數據並未包括施以取出夫之精子植入妻體內之配偶間人工生殖。
有多位記者詢問相關數據等細節，國民健康局亦就此提出說明。在試算資料中，以97年接受人工生殖治療共8,354週期、出生數3093人為基礎值，假如補助後週期數增加為未補助時之1.5倍，則每年須補助之週期數將為12,531個，所需之經費為6億2,655萬元，增加1547名新生兒，對整體生育率之貢獻僅0.78；假若提供15萬元全額補助，假設施行數增加為2倍，則補助後之週期數將增加為16,708個，所需之經費為25億0,620萬元，增加3093名新生兒，對整體生育率之貢獻約為1.56％。該數據係在假設狀況下推估，俾利內政部人口政策委員會之討論。
報載所稱國民健康局草擬不孕症補助措施，希望透過實質補貼，提高逐年的下滑生育率之詞，與實際情況實有所差距。全案之決策權在人口委員會與內政部。獎勵生育非屬衛生署或國民健康局主政，經費亦未編列在該署或該局。