行政院衛生署已經決定順應民意，遵行簡政便民、照顧弱勢之原則，確立二代健保重大政策方向，包括補充保險費之扣費下限設定為5千元；股票股利納入補充保險費之計收範圍；並且針對二代健保實施首年費率，提出4.91%、5%、5.17%等三種不同的方案，報行政院核定。
按為推動二代健保改革而研提之全民健康保險法修正案，已於100年1月26日經由總統公布，其中為了擴大費基促進負擔公平採行之補充保險費新制，是繼過去提高投保金額上限、軍公教人員按全薪投保等等多項開源措施之後，最重要的一項財務改革。目前，籌備作業幾近全數底定；近日更在聽取朝野立委意見，綜合各界建議之後，基於順應社會民意反映，遵行簡政便民原則之前提，就二代健保之實施，確立下列重大方向：
一、 提高五種補充保險費之扣費下限：將由原訂2千元，全部提高為5千元（除高額獎金）。下限提高之後，受到影響人數比率，將由17%降為15%（大約可以減少46萬餘人）。且因為該下限係以單次給付金額計算，因此絕大多數弱勢群體，未來均不至於成為補充保險費的扣繳對象。
二、 股票股利亦應納入補充保險費之計收範圍：由於朝野立委絕大多數認為，健保法已明定「股利所得」應扣取補充保險費，而股票股利既然包含於股利所得，就不應該排除在外。因此，未來將依所得稅法認定原則，以股票之面額每股10元計算應該扣取之補充保險費，並由合併發放之現金股利中扣取，遇有扣取不足或無現金可供扣取之情事時，再轉由健保局開單，交予保險對象繳納。
三、 有關二代健保實施首年之費率：費率調整的幅度與財務的平衡之間，有著密不可分的關係，因此，衛生署將提報若干方案，一併陳報行政院；另一方面，衛生署及健保局將賡續加強辦理健保資源效率化的各項節流措施，包括：持續強化總額支付制度、辦理藥價調查及合理調整藥價、查核違規、專案輔導高診次就醫保險對象等。未來年度，則必須落實二代健保所強調的收支連動概念，依照每個年度的支出與保費的收入，適時來評估合理的費率。另外，99年間因應費率調整而啟動的差額補助，由於屬於一種過渡性措施，將於二代健保實施後停止，但為考量減輕民眾負擔，衛生署已建議行政院調降費率。
衛生署在說明前述政策方向時也再次重申，實施二代健保各項改革措施的同時，一定會對於弱勢群體做必要的特殊考量；例如：關於補充保險費，健保法已明文排除適用於低收入戶成員。而由於其他所得項目的扣費下限也將全部提高到5千元，因此，保費新制的實施，對於社會上經濟弱勢者的衝擊，將大幅降低。
日前，衛生署已將費率調整案陳報行政院，並將於行政院發布二代健保施行日期及核定健保法施行細則後，發布全民健康保險扣取及繳納補充保險費辦法。而在二代健保實施之後，政府對於健保經費之負擔將從33.6%提高至36%，衛生署將會積極落實各項改革，對於歷年來推動的開源節流措施，也會更加強化，並藉由收支連動機制，達成年度收支平衡的目標，確保健保財務穩定，讓全民永續享有周全的健康保障。