三軍總醫院為積極響應中央健康保險署推動分級醫療政策，強化轉診醫療服務，目前與7個社區醫療、204家醫療院所合作簽訂「策略聯盟合作契約」，並於107年12月18日特舉辦轉診中心揭幕儀式，期能擔任合作院所之堅強後盾，提供病人全方位之醫療照護，以保障民眾就醫安全及提升醫療品質。

為檢視各國軍醫院與基層院所策略聯盟之轉診成效，國防部軍醫局定期召開管制會議，並輔導各國軍醫院醫療資訊系統，建構雙向轉診平台。截至12月12日止，計有850家醫療院所、2,788位病患透過健保署建置之平台轉診至該院就醫，期許透過各級醫療院所的分工合作，讓病患受惠更優質之醫療照護。

健保署李伯璋署長對於三軍總醫院以實際行動響應醫療的上下游垂直整合，提供民眾連續性的醫療照護給予高度肯定，並表示健保署近年來持續建置並推動「電子轉診平台」及「健保醫療資訊雲端查詢系統」，協助院所儘速安排民眾就醫，並讓民眾在各院所就醫可以跨院查詢各項檢查檢驗報告、用藥、電腦斷層、核磁共振、X光、胃鏡、大腸鏡影像等，讓就醫資訊不中斷、醫師診斷更精確，民眾轉診更放心。另健保署亦於明(108)年總額協商時編列推動轉診之專款預算，積極協助壯大基層診所醫師診療實力，民眾就近可由厝邊好醫師為健康把關，期待大醫院與小診所權責分工充分合作，共同守護民眾健康，共創民眾、醫療院所及健保三贏之共好。