90年7月12日衛生署保健處及所屬三個研究所(原隸屬省衛生處之公共衛生研究所、家庭計畫研究所及婦幼衛生研究所)整併成國民健康局，肩負全民健康的維護與促進的重任。成立之初，經公開徵求選出以國民健康局英文字首「BHP」作為設計元素的局徽，構成3個綠人，然而屢遭外界稱為3P，認為其圖像似有不雅之嫌。
因應中央政府組織調整，102年7月23日國民健康「局」正式改制為「署」，機關LOGO也重新設計，經過多次嚴格挑選，終於挑中一幅象徵「『手』護健康」的圖像，成為國民健康署的署徽。新的LOGO設計理念，是藉由4隻手指及大姆指的手部包覆動作設計出「守(手)護」男女老幼不同年齡、性別、職業、族群的國民，象徵衛生福利部國民健康署守護關懷在台灣每個角落的您。而色彩規劃「綠色」，人類眼睛對綠光的反應最為平和，置身於綠色視覺感受，能給人心理恬靜、平靜與舒適的感覺，而且它也代表了生長與生命力，象徵自然界的生生不息。
國民健康署署長邱淑媞表示，新的logo簡單俐落，且給予人很大的發想空間。例如握緊拇指的手，可象徵國民健康署用力守護國人健康；4隻向上直立的手指，可代表男、女、老、幼，士、農、工、商，東、西、南、北(地區)，產、官、學、民(領域)等等，同時，由國民健康局logo 的3P，增加到國民健康署logo的4P，代表國民健康署不僅要持續推動增進健康（Promotion）、預防疾病（Prevention）、安全防護（Protection）的工作，還要強調民眾與跨領域的參與(Participation)。至於平穩厚實的手掌，則象徵著以健康提供國人公平而紮實的立足基礎，讓每個人生命可以向上發展與提昇。
新署徽新氣象，國民健康署將結合跨部會力量，提供從子宮到天堂，從家庭到社區的全民健康促進，守護男、女、老、幼的健康，無分貧富、職業、性別、地域、族群，都享有公平的健康機會。