配合行政院組織調整，衛生福利部及所屬機關組織法於102年7月23日正式施行，疾病管制局於同日調整為疾病管制署，並舉行揭牌儀式，疾病管制署全體同仁在新的組織運作下持續堅守崗位，確保防疫無縫接軌。
民國87年國內發生腸病毒大流行，為整合防疫資源，建構防疫體系，合併原行政院衛生署防疫處、預防醫學研究所及檢疫總所三單位，於88年7月1日成立疾病管制局。14年來，面對登革熱、腸病毒大流行、SARS、H1N1新型流感以及今年H7N9流感的疫情考驗，疾病管制局累積多年的實戰經驗，在推動結核病十年減半、愛滋減害計畫及面對新興傳染病的挑戰等，受到國內外的肯定。
面對民眾對政府施政的高度期待，疾病管制署承擔的責任更顯重大，除加強與各界溝通政策及法案，主動發布重要政策與疫情新聞，同時也持續推動國際合作，並積極參與WHO、APEC等國際組織的運作，務實兩岸雙邊合作關係。
面對這次的組織調整，疾病管制署將秉持「人道、專業、機先、溝通、團隊」的精神，持續提升防疫體系運作效能，為全民健康把關，期能免除疫病威脅，以達成「促進及保護全民健康福祉」之使命。