一、由「局」到「署」，任務更重，公衛效能待強化
國民健康局成立於90年7月12日，係由衛生署保健處及所屬3個研究所(原隸屬省衛生處之公共衛生研究所、家庭計畫研究所及婦幼衛生研究所)整併而成，負責婦幼衛生與慢性病防治。現因應中央政府組織調整，於102年7月23日正式由「局」改制為「署」，肩負更重大的使命，將秉持「預防勝於治療」的精神，強化預防醫學與社區健康，尤其是因應人口結構改變，將更緊密結合社會福利與跨部會資源，落實從子宮到天堂、從家庭到社區的全民健康促進，目標是提高健康餘命，縮小健康不平等，讓全體國民，不分貧富、地域、性別、族群，都能活得久、且活得好。

二、國民健康局12年，見證從節育到催生的時代變遷，而國民健康基礎建設亦漸趨完備
民國90年，我國每年出生人數首度降至25萬以下，其後快速下降，龍年也僅回到約23萬，未能突破。生育率快速下降，埋下人口快速老化的伏筆。幸好，國民健康局就在90年成立，鋪設了國家健康促進體系的基礎建設期。國民健康局12年，涵蓋所有年齡與各主要慢性病和危險因子的國民健康監測體系，漸趨完備；許多法令也陸續到位，包括人工生殖法、癌症防治法、公共場所母乳哺育條例、以及菸害防制修法。財務方面，民國91年開徵菸捐，其後兩次調漲，提供了國民健康建設的經費來源。預防保健服務給付責任由健保局移入後，國民健康局陸續更新給付項目，並開發創新給付模式(例如品質獎勵、衛教給付、民眾端誘因)等，以提高民眾利用率。在健康促進策略上，引進國際最倡議的 “生態模式”，結合各部門、各縣市，透過社會系統與組織系統的改善，使健康行為與健康選擇變得更容易，從而達到大規模的集體改變。不同於傳統模式以個人衛生教育或大眾宣導以提供資訊為主，新模式提供機會與動力，有效讓不同場域的民眾動起來，使追求健康蔚為風潮，也提高了健康促進在公共政策之地位。
這段期間的具體施政成效，在婦幼健康方面，主動積極查察出生性別比失衡，出生性別比降至1.074，為25年來最低點，國際排名由92年第3降至101年第15。提供全面性孕婦乙型鏈球菌篩檢（101年底篩檢率達91%）及新生兒聽力篩檢（101年底篩檢率達89.4%）；推動母嬰親善醫院認證，院所數量已達到出生數涵蓋率75.1% ， 101年產後6個月以下的純母乳哺育率達49.6％，高於全球平均值--37％，並接近WHO所訂 2025年的全球目標--50%，與OECD國家比已居前三名。
因應人口老化挑戰，國民健康局推展慢性病共同照護網，糖尿病死亡率下降一成；擴大推動四大癌症篩檢，每年篩檢近500萬人次、發現約1萬名癌症及3.6萬名癌前病變；並帶動預防醫學風氣，有125家醫療院所取得世界衛生組織健康促進醫院會員證書，成為全球最大健康促進醫院網絡，為國人建立主動出擊的全人健康促進服務，在民眾就診時主動評估吸菸、嚼檳、肥胖等問題並提供戒菸、戒檳、減重、癌症篩檢等重要的預防保健服務，積極增進健康。提倡活躍老化，推動高齡友善城市及高齡友善健康照護，已成為全球第一個所有縣市皆簽署推動WHO高齡友善城市計畫的國家。
在危險因子的改變方面，國民健康局深知環境對個人行為與健康之影響，積極營造各類型之健康場域，包括健康城市、健康社區、安全社區、健康促進學校、安全學校、健康促進職場以及健康促進醫院，導入各類健康促進行動，並參與國際合作。在菸害防制方面，成年人吸菸率已由91年27.0%降至101年18.7%，降幅達30.7%；禁菸公共場所的二手菸暴露率亦降到僅8.3%；去年更以菸捐推動二代戒菸服務補助，使尼古丁依賴患者之治療，得到與三高慢性病治療相同的健康人權，其據點已涵蓋達97%鄉鎮市區。18歲以上男性嚼檳率，已由96年17.2%降至101年10.9%，降幅達36.6%。近三年更推行全國健康體重管理及改善致胖環境，獲超過140萬民眾響應，集體減重達2,200噸以上。
在國際化方面，國民健康局積極在各主要業務與世界衛生組織國際合作中心、國際學術機構或組織以及各國政府展開交流；出席世界衛生大會以及相關技術性會議；局長邱淑媞並曾先後當選世界衛生組織健康促進醫院國際網絡之副理事長與理事長，象徵臺灣在健康促進的專業水準，逐漸受到國際肯定。

三、下一個12年，國民健康競爭力與老化海嘯的賽跑
2013年，世界衛生大會通過了非傳染病防治監測架構，確立了在2025年之前將非傳染病(俗稱慢性病)過早死亡(30-70歲)降低25%的全球目標(簡稱 “25 X 25”; 或25 by 25)，象徵國際衛生發展重心，將由過去12年來 “新千禧年發展目標” 以降低傳染病、孕產婦與嬰幼兒死亡為主軸的 “傳染病時代”，邁入以活躍老化、慢性病防治為主軸的 “非傳染病時代”， 或 “雙重負擔時代” (部份發展中國家同時面臨傳染病與非傳染病挑戰)，並將以2025年(距今12年後)為目標年，持續監測各國進展與驗收成果；這段期間，有關於非傳染病控制與預防的各種創新、合作、交流，也將成為國際衛生舞台的新重頭戲。
而在臺灣，人口老化已進入狂飆期，老化程度將會在未來12年內三級跳，預計於5年後(2018年)臺灣就會從「高齡化社會」(aging society)邁入「高齡社會」(aged society；老年人口達14%)，再7年後(2025年，距今12年)，將進入「超高齡社會」(super-aged society；老年人口達20%)。衛福部國民健康署署長邱淑媞笑稱，國民健康局可謂12年磨一劍，在此時由「局」改制為「署」，象徵非傳染病防治工作「轉大人」，應把握從現在開始到2025年之間的12年，以過去12年所建構的的國民健康基礎體系，加速與老化海嘯賽跑，提昇各項高齡友善社會構面與慢性病防治之效能，並讓臺灣扮演國際非傳染病防治的領先角色。相反的，若無法順利與國人共同打好預防的基礎，那麼，許多民眾人生的最後10年，將可能在輪椅上或病床上度過，缺乏尊嚴、快樂，而不論是健保體系或長期照護體系，也都將面臨財務崩盤的危機，經濟發展也將嚴重受拖累。

四、衛生福利部邱部長的期許與未來重點
國民健康署在7月23日與衛生福利部同日揭牌，首任衛生福利部部長邱文達指出，在人口快速老化及非傳染病威脅日增的時刻，期許國民健康署持續以實證為基礎，與國際接軌，重視公平正義，與各部門、民間團體及全體民眾一起努力，為全民健康打拼。邱文達表示，國民健康署的成立，有非常特別的歷史意義，希望未來應特別加強源頭預防之跨領域結合、e化傳播、研究發展、國際合作以及致力於提昇國民健康識能，縮小健康不平等，為民眾健康帶來新氣象。
國民健康署表示，將以提高健康餘命、縮小健康不平等為使命；更緊密結合社會福利與跨部會資源，落實從子宮到天堂、從家庭到社區的全民健康促進；希望不分貧富、地域、性別、族群，全體國民都健康，活得久、且活得好。

未來施政重點包括：
一、健康無憂的出生與成長: 將加強生育與生產之弱勢照護與補助，包括強化婦幼預防保健服務之內容、強化弱勢高風險孕產婦與兒童之社區關懷體系、完備人工生殖相關法令及強化青少年保健體系。
二、活躍和諧的老化：將落實與縣市政府之夥伴關係，深耕高齡友善城市與社區，追蹤各縣市在敬老、親老、安居、暢行、連通、無礙、康健、不老這八大面向之施政進展，評比長者社會參與或就業、民眾滿意度、老人幸福感以及健康餘命之變化，希望做到 “失能壓縮”，讓每位長者一直到去世之前都仍活躍自主。將推廣慢性病共同照護體系，延伸至長期照護機構與身心障礙弱勢民眾；並將持續擴大醫療衛生體系與社區關懷據點之結合，對獨居與弱勢長者加強全人健康促進，讓健康與尊嚴成為每個國民共同享有的人權。
三、強化國民健康識能(health literacy)：將強化各年齡民眾汲取、判斷及應用健康資訊之能力，增進個人健康，並能正確使用各項醫療保健與福利資源，減少因道聽途說造成之盲信、誤信與耽擱。
四、強化eHealth之價值與應用：對於民眾、健康照護組織、與決策分析者，強化健康資訊之應用，以支援個人健康管理、提昇健康服務之品質與效率，並監測與分析健康決策。
五、縮小健康不平等：將出版國民健康暨健康不平等統計年報，進行國際間與國內各縣市間健康狀況之長期比較分析；對弱勢縣市與特殊群體，將提供專案經費，做中長程改善計畫，迎頭趕上。
六、強化衛生保健人力發展: 將透過人才羅致與培訓，強化中央與地方衛生保健人員之核心能力發展，並改良考核架構，檢視及引導衛生保健體系效能之提昇。

國民健康署署長邱淑媞表示，世界衛生組織25X25之目標，是在2025年(12年內)將四大非傳染病（癌症、心血管疾病、慢性下呼吸道疾病、糖尿病）之過早死亡降低25%。而我國黃金十年之國家健康目標，則是在2020之前，要將癌症死亡率降低20%，並將成人規律運動率倍增(由99年的26%增加至52%)、成人吸菸率減半(由99年的20%下降至10%)、成人嚼檳率減半(由7%下降至4%)。我國2020年黃金十年目標訂得比世界衛生組織的25X25目標更早、更高，也比2025年臺灣進入超高齡社會的時間點早，如能順利達成，不僅能使臺灣成為國際非傳染病防治的標竿，亦更能妥適因應老化海嘯衝擊。