針對各界關切的衛生機關追查順丁烯二酸酐化製澱粉案辦理情形，食品藥物管理局（以下稱食藥局）表示，截至目前已共查獲4家涉案順丁烯二酸酐原料供應商，9家順丁烯二酸酐化製澱粉製造廠、27家順丁烯二酸酐化製澱粉供應商，及涉案之廠商至5月30日不再增加，顯示源頭已獲控制；所有違規產品已回收392噸，已銷毀261.42噸，各地衛生局持續銷毀中；市面產品抽驗檢出順丁烯二酸結果已由最初約40%降至10%以下；0527專案啟動後，已稽查18,570家，未張貼安全具結證明之不合格率從9%下降至3%，整體而言已至最後階段，但衛生單位仍會繼續稽查，以保障民眾食品安全。
針對媒體報導食藥局隱匿案情並拖延辦理，食藥局願意虛心的接受各界指正並檢討改進，但絕無故意隱匿案情、拖延辦理及包庇廠商之情事。對於整起事件處理過程，重點綜整說明如下：
一、醞釀期（2月4日至3月15日）食藥局同仁於102年2月4日聽聞，可能有非法的「順丁烯己二酸?（可能提供者不熟涉案化學物之名）物質被違規使用在具Q性的食品上，該局食品組同仁立刻主動積極進行調查，包含該物質之理化特性及國際上准用情形，並請實驗室確認檢驗方法。經查詢國際管理及科學網站資料，所聽聞之化學物質可能為「順丁烯二酸?，且在搜尋資料過程，發現中國大陸曾於2010年發生違規以「順丁烯二酸酐?製造化製澱粉，遂於2月7日召開局內跨組會議討論，研判所涉之違法事件，有可能是「順丁烯二酸酐?或以「順丁烯二酸酐?製造化製澱粉，因此，就檢驗方法開發、市售粉圓製造廠進行稽查、食品添加物查驗登記及邊境輸入查驗資料比對等面向處理。
2月20日食藥局與新北市衛生局及食品工業研究所專家商討粉圓製造工廠稽查事宜。並於3月6日會同新北市衛生局與食品工業發展研究所專家前往新北市二家粉圓製造工廠進行稽查。
經實驗室資料蒐集、購置試藥及器材、自行研究製備順丁烯二酸酐化製澱粉標準品、開發探討檢驗方法後，於3月15日完成檢驗方法確效，並草擬檢驗方法。
二、調查期（3月18至4月22日）
食藥局於3月18日起至4月22日間，自行購置市售粉類及澱粉製品共74件，於4月3日完成第一批產品檢驗，初步發現3件澱粉製品疑似檢出順丁烯二酸，經繼續檢驗，最後共檢出5件（日正公司「波霸粉圓?；蓮發公司「美濃板條?及「九份芋圓地瓜圓?；長勝食品廠「冷凍正宗黑輪?；天佑食品有限公司「關東煮黑輪?）。
三、溯源期（4月10日至5月13日）
為進一步釐清案情及追查源頭，遂於4月10日函請台北市政府衛生局稽查轄區日正公司販售之可疑產品「波霸粉圓?，並抽驗其澱粉原料或成品；同日亦發函桃園縣衛生局，請其稽查轄區蓮發公司販售之「美濃板條?及「九份芋圓地瓜圓?，並抽樣產品及原料。
為協助衛生局稽查，食品藥物管理局並於4月16及17日協同衛生局稽查涉案之日正公司、蓮發食品有限公司等及原料供應商怡和澱粉公司查核，並現場抽樣送回實驗室檢驗。
自4月17日至5月11日止，食藥局實驗室陸續完成新北市政府衛生局等8家衛生局送驗稽查原料及終產品等63件檢體之檢驗。於實驗室確認由衛生局抽樣檢體檢出順丁烯二酸期間，該局食品組於4月22日召開會議，討論涉案產品違反食品衛生管理法之處分適用罰則。
4月24日食藥局洽詢學者有關順丁烯二酸酐化製澱粉特性時，期間聽聞「辰堉科技?（於101年解散，公司營業登記及工廠記皆於101年6月後廢止）及「泰昇公司?（2家公司同地址）可能曾製售順丁烯二酸酐化製澱粉，同日亦接獲法務部嘉義調查官來電請求協助檢驗，除立即召開順丁烯二酸酐化製澱粉第一次緊急會議，確認處置方向外，並洽高雄市政府衛生局共同於4月25日共同派員前往前述2家澱粉製造業者之工廠查核，惟現場未查獲具體違規事實。之後，高雄市政府衛生局於5 月22 日配合警調，封存泰昇公司475公斤之順丁烯二酸酐。
食藥局於啟動各衛生局針對其所轄涉案產品的源頭化製澱粉供應商追查期間，於4月26日協同新北市政府衛生局及專家，共同前往蓮發「九份芋圓地瓜圓?之製造廠「賞味佳食品有限公司?之原料供應商「協奇澱粉公司?位於泰山區粉料倉儲處查察，依業者提供資訊，5月2日由新北市政府衛生局轉請製造廠「協奇農產澱粉廠?所在地台南市衛生局進行稽查。
台南市衛生局於5月6日依新北市衛生局之移文，連續3天稽查「協奇農產澱粉廠?，業者表示絕未在製成品中添加順丁烯二酸，所提供之製造流程亦未顯示添加順丁烯二酸酐，衛生局亦未於「協奇農產澱粉廠?現場發現有關任何順丁烯二酸酐之化學原料，而業者對於問題澱粉之流向亦推託不知情，僅交待係分別由新北市之「協奇澱粉公司?及高雄市之「協奇企業行?、「協裕粉行?及「乘儀商行?負責行銷。以上各相關業者無法交待問題產品來源及流向，新北市政府衛生局、高雄市政府衛生局及臺南市政府衛生局分別於5月15、20及28日移請檢調辦理，一直未能查出提供順丁烯二酸酐之化工廠及其經銷供應商。
為追查「日正食品工業股份有限公司?所販售「波霸粉圓?之問題原料粉來源「東億企業社?，臺南市衛生局於5月13日稽查抽樣原料粉檢驗結果未檢出。直至5月21日，彰化縣衛生局配合檢調之稽查，發現確有涉案，故確認為涉案化製澱粉廠。
此溯源追查期間，由新北市政府衛生局等8縣市衛生局稽查抽驗之澱粉原料及產製品共63件。依食藥局累計調查期及溯源期共檢驗137件檢體之檢驗結果，由衛生機關共同協力積極追查，至5月12日確定，受污染產品的澱粉原料來源，為「怡和澱粉有限公司?及「協奇澱粉公司?。
四、發布期（5月10日至5月13日）
5月10日食藥局綜整所有資訊並召開第三次緊急會議後，於5月11及12日再度彙整及確認所有衛生機關追查與檢驗結果，依具體事實，於5月13日發布新聞正式對外說明。
五、全面稽查期（5月14日至26日）
為阻斷源頭違規化製澱粉製造廠，食藥局積極辦理以下事項：
(一)自衛生機關稽查資料庫（食品管理系統）整理出99家澱粉製造商及供應商名單，於5月14日提供給全國衛生局進行清查。
(二) 5月15日函請新北市、桃園縣及高雄市等衛生局針對6家查驗登記有案之國產化製澱粉製造廠（振芳股份有限公司、振源食品化原料股份有限公司、員和工業股份有限公司、泰昇有限公司、辰堉科技澱粉有限公司、鑫隴興業有限公司）進行稽查。
(三)督導衛生局同時清查所有市面上之澱粉產品，並順勢追查上游，以免漏掉未列入99家之澱粉廠，經衛生局陸續清查，稽查家數總計111家。
(四) 5月20日依舉報「聯成化工股份有限公司?可能為原料順丁烯二酸酐之提供者，立即先以電話聯繫高雄市政府衛生局即刻前往查察，並於5月23日依高雄市衛生局初步查獲資訊，針對順丁烯二酸酐化工原料之來源廠商及其供應流向，函請相關衛生局進行稽查。
六、0527專案期（5月27日至5月31日）
5月24日衛生署召開跨部會會議，共同研議合作阻斷源頭化工原料化學品非法流入食品合作機制，續於5月26日由署長召開專家諮詢會議，並於5月27日召開全國衛生局聯合視訊會議，啟動0527專案，要求澱粉供應商應提供安全具結證明給下游廠商，而相關類產品應張貼安全具結證明。
七、0601全面清查安全證明具結專案（6月1日起）依0527專案，自6月1日起，全國衛生局全面啟動清查市售8類相關產品之安全具結證明。近日稽查結果，大多數產品販賣商均按照規定張貼安全具結證明，每日稽查家數中未張貼安全具結證明之不合格率從9%下降至3%。
依0527食品安全專案計畫，販售業者要求澱粉原料供應商提供安全證明，可達到業者自主的品管要求，加上6月1日衛生機關動員全面強力稽查下，含順丁烯二酸酐之違法澱粉原料及產品已逐漸減少，整體而言，稽查行動已近最後階段，各縣市衛生局仍持續積極稽查，以保障民眾之食品安全及消費權益，同時保證販售店家的商譽。日後，衛生機關會將順丁烯二酸列為澱粉類產品之重點稽查檢驗項目。
八、強力推動新食品衛生管理政策
食品衛生管理法修正案已於5月31日經立法院三讀通過，新法在總統公布後即刻生效，對於食品添加物，將以「強制登錄、全成分標示、加重罰鍰與處以刑法」，全面性加強食品業者及食品添加物管理。