為降低健保特約醫療院所為病患進行重複檢查、檢驗，減少無效率的醫療及不當處方，使健保資源能更合理地被使用，健保局利用醫療院所向健保局申報醫療費用的檔案資料進行分析。對於偏離醫療常規的部分，利用訂定「不予支付指標」，設定指標數值或比率的上限值，超過部分就不予支付的方式，進行醫療使用異常及不當的管控。
不予支付指標的項目舉例來說，例如：針對電腦斷層掃描(CT)及磁振造影(MRI)檢查訂定「醫院CT檢查之全體病人90日內同部位再執行率過高」及「醫院MRI檢查之全體病人90日內同部位再執行率過高」，並以各層級醫院比率的90百分位值訂定上限值；針對體外震波碎石術(ESWL)訂定「同一醫院同一患者體外震波碎石術施行次數過高」（以臨床專業認定合理使用最多每年5次為上限值）、針對管制藥品Zolpidem訂定「門診同院同一病人每季申報Zolpidem開藥天數(DDD)超量」（180天）等。
考量臨床上仍有需即時瞭解病人病情變化，須短期內再執行檢查之合理醫療需求，故上述CT及MRI檢查的不予支付指標容許部分之再執行比率，並排除癌症病人不列入計算。目前健保局以用藥安全、容易重複濫用及非必要等角度，進行檔案分析，並設定不予支付指標總計54項，醫院部門有24項、診所部門有23項、中醫部門有4項、牙醫部門有3項。經統計， 98年透過不予支付指標共核減6,720家院所之醫療費用約2,620萬點、99年核減6,576家院所之醫療費用約2,300萬點、100年核減10,553家院所之醫療費用約3,460萬點。
這些不予支付指標，除可有效率的利用電腦自動化處理，對醫療使用異常情況進行把關與核減外，針對其他部分，健保局亦進行重點式抽樣專業審查監測，兩者相輔相成。