健保IC卡存放內容有基本資料段、健保資料段、醫療專區及衛生行政專區等四區段，健保資料段存放最近6次就醫資料（包括就醫日期、就診院所及疾病代碼等）欄位，醫療專區則有60組處方資料（包括處置、用藥及檢驗檢查），及過敏藥物的紀錄等欄位，保險對象持健保IC卡就醫時，醫師需使用醫師卡讀取其內容，供處方參考，以避免重複醫療提供及提升就醫安全。IC卡容量有限，僅能登錄用藥、檢驗檢查等代碼，無法有中文名稱，惟醫療院所之資訊系統可利用健保支付標準檔或藥品檔轉換成臨床資料，供醫師參考，民眾就醫時即可和醫師討論之前之就醫紀錄。至於健保局各分區業務組、聯絡辦公室所設置之公共資訊服務站，限於經費不足無法廣設以利查詢，健保局已朝建立雲端資料庫，提供民眾可透過網際網路即可查詢方式予以改善。
健保局自今年起針對病人單次處方藥品大於10項者及醫療院所別平均每張處方藥品大於5項者，會予加強審查。慢性病患如有經常至不同院所就醫、重複領藥之情形，除將個別輔導瞭解實際需求外，也請醫師主動檢查病人IC卡的用藥紀錄，確認病人是否已在其他醫療院所領過相同藥品，若醫師不查閱IC卡存放內容就開藥，未來健保局將研擬不予支付之嚴格作法。另為解決目前健保IC卡晶片儲存量小，其容量僅存60組處方紀錄，無法提供完整用藥資訊之限制，因此健保局刻正研擬建置病人完整之藥歷檔，供醫師處方參考，對於可歸責於醫師之重複處方者不予支付。初步研擬彙整醫療費用申報資料及健保卡上傳資料，歸戶後建置病人之藥歷檔。。
中央健康保險局研議之「健保IC卡改善計畫」主要目的為解決卡片資料量存放增多，致讀寫速度較緩慢問題。由於健保卡使用涉及全體民眾就醫權益，為求審慎，改善計畫自規劃迄今，業歷經多次研議檢討。目前，為卡片憑證功能規劃方式，近日行政院衛生署邀集相關單位開會討論，以利儘速核定改善計畫內容。
社會各界長期關切之健保醫療資源妥適運用等相關議題，為中央健康保險局透過多元化管理與推動醫療資訊應用之綜合成果，健保IC卡僅為其中之一環，該局仍將持續努力，以達社會各界期待。