民眾通常在選擇旅遊行程及購物時，為貨比三家不吃虧，上網查詢比價，已經成為便利的工具。健保署為使自付差價或健保尚無法納入給付之全部自費醫材透明化，使民眾方便查詢及比較各醫療院所的收費，促進醫療院所間對相同醫材收費不要有太大差異，自103年6月10日起，民眾可透過健保署全球資訊網(網址:http://www.nhi.gov.tw/)，進入「自費醫材比價網」查詢比價。
截至103年5月30日，共計有523家醫療院所上網登錄收費的情況，醫學中心19家、區域醫院74家、地區醫院138家、基層診所有292家。所登錄的自費醫材總共1,259品項，包含全部自費醫材及自付差價的項目，全部自費的醫材例如外科、內科、骨科、心臟科、眼科、婦產科、耳鼻喉科、麻醉科等專科醫材品項；自付差價的醫材則包含塗藥血管支架、特殊功能人工水晶體、新增功能類別人工心律調節器、特殊材質(陶瓷及金屬對金屬2類)人工髖關節、耐久性生物組織心臟瓣膜等6類特材品項。
使用「自費醫材比價網」時，民眾只要輸入關鍵字，如須自付差價的「人工水晶體」，即可查詢到目前全國各醫療院所登錄人工水晶體自付差價的收費金額，或再透過該比價網的臺灣地圖，選擇所要就醫院所縣市別，如台北市，即可查詢到台北市各醫療院所有申報人工水晶體的收費金額(有最新資料或歷史資料)，亦可鍵入醫療院所收費標準區間，查詢符合該收費區間之院所資料。
「自費醫材比價網」亦提供「醫材比一比」的查詢服務，民眾只要鍵入前述的關鍵字，就可以比較同一自費醫材品項，醫療院所收費標準的最高價格、最低價格及醫事機構名稱，以及平均價格。
如果民眾經主治醫師評估必須使用全部自費或補差價之醫材，可先至健保署網站查詢比價，另健保署也規範醫療院所必須事前充分告知自費特材的費用及產品特性、使用原因、應注意事項、副作用，與健保給付品項之療效比較及取得病患同意書；並應製發收據交予保險對象或家屬收存，以保障民眾就醫權益。