為提升醫院醫療服務效率及品質，健保自99年1月起分階段導入住院診斷關聯群支付制度，第1階段共計導入164項DRGs，期間經過健保署與醫院團體多次共同努力溝通、協調經獲共識，將自103年7月1日起導入第2階段DRG，本階段共導入254項目，包括循環系統、骨骼肌肉系統、?娠生產與產褥期以及男性及女性生殖系統之疾病，估計一年約有34萬住院人次適用，費用約182億點，占DRG範圍之20%，占住院總醫療點數12%。連同第1階段分別占DRG範圍之45%，占住院總醫療點數27%。
循環系統疾病包括心肌梗塞、冠狀動脈血管支架裝置術、高血壓、動脈硬化、心內膜炎等74項DRGs，估計一年約有11萬7千住院人次、骨骼肌肉系統疾病包括骨折、肌腱炎、截肢、扭傷等114項DRGs，估計一年約有17萬7千住院人次，?娠生產與產褥期包括迫切流產、子宮外孕手術等26項DRGs，估計一年約有2萬住院人次、男性生殖系統疾病包括攝護腺肥大、男性骨盆手術、陰莖手術等29項DRGs，估計一年約有1萬3千住院人次、女性生殖系統疾病包括女性生殖系統原位癌、腹腔鏡及輸卵管阻塞切開術等17項DRGs，估計一年約有1萬4千住院人次。
為保障病患醫療權益及生命安全，避免人球事件發生，健保署自99年起業將重症病患如將癌症、血友病、安寧療護、使用ECMO病患、精神科、愛滋病、罕見疾病、凝血因子異常、臟器移植併發症及後續住院、住院超過30日等重症病患排除於Tw-DRG適用範圍，亦即該等案件仍維持現行論量計酬之支付方式，第2階段再增列排除使用主動脈內氣球幫浦（IABP）之個案。
自實施TW-DRGs後健保署即透過定期監測、輔導的方式為民眾權益及醫療費用把關，依據健保署統計結果，TW-DRGs實施後（102年）相較於實施前（98年），平均每人住院日數下降（由4.39天下降為4.15天，減少0.24天），另TW-DRG住院案件的轉出率、3日內再急診率及14日內再住院率等亦均較TW-DRG實施前下降（-0.06%、-0.06%、-0.24%），顯示TW-DRGs實施後醫療服務效率、醫療品質及病患就醫可近性均較實施前提升，另外健保署委託學界進行研究結果顯示，DRG制度之實施，並未降低病患對醫療照護之滿意程度。
為確保DRG制度實施民眾醫療服務不受影響，第2階段DRG項目導入後，健保署仍將延續現行定期監測機制，亦即就醫療效率、費用移轉、就醫可近性及成效等4個面向進行監控，以保障病患就醫權益。