食品藥物管理署（以下簡稱食藥署）對於基因改造玉米、黃豆及相關產品係採三階段管理模式。
(1)上市前源頭管理：輸入供為食品原料之玉米或黃豆，如為基因改造者，輸入前應依食品安全衛生管理法，向食藥署申請基因改造食品查驗登記。
(2)邊境查驗與監測：輸入時，業者應依食品安全衛生管理法第30條，向食藥署申請查驗與申報。查驗時依食品及相關產品輸入查驗辦法抽中批者，原料部分檢驗殘留農藥及黃麴毒素，相關產品則加驗添加物或其他衛生檢驗項目(例如醬油檢驗3-單氯丙二醇)。另針對黃豆或玉米原料，專案監測進行基因改造品項之鑑別檢驗。100至102年度查驗大豆922批，抽樣檢驗28批；查驗玉米7598批，抽樣檢驗255批，衛生檢驗與基因改造品項鑑別檢驗結果均符合規定。
(3)市售包裝產品監測：食藥署為保障消費者在選擇基因改造食品之權益並落實基因改造食品標示規定，已運用分子生物技術開發各種檢測基因改造品項與其含量檢驗方法之檢驗系統，以監測市售基因改造食品之標示符合性。
歷年常見基因改造食品標示不正確之型態主要有4種：（1）標示誤導－非規範之原料卻標示「基因改造」或「非基因改造」之食品者。（2）應標示而未標示－黃豆與玉米類製品，在產品包裝上未具有任何「基因改造」相關字樣，經檢驗屬基因改造食品者。（3）標示錯誤－黃豆與玉米類製品，在產品包裝上具有「非基因改造」字樣，經檢驗屬基因改造食品者。（4）標示不完全正確－黃豆與玉米類製品在產品包裝上標示與事實不符、具有優劣比較意涵與一般口語化字樣等，常見情況與事實不符之標示如「非基因黃豆」、「非基因玉米」等（黃豆與玉米皆具有基因）、具有優劣比較字眼如「非基因改良」、口語化標示如「非轉換基因」、「非基因重組」等。第1種依違反食品安全衛生管理法第28條第1項可處新台幣4-400萬罰金，第2、3種者依違反第22條可處新台幣3-300萬罰金，第4種標示不完全正確者，予以輔導限期改善。
食藥署自91年起執行市售基因改造食品標示調查，102年度共調查313件包裝食品，其中171件標示「非基因改造」等相關字樣，另142件未標示「基因改造」或「非基因改造」等相關字樣，調查結果在313件檢體中，計有284件（90.7%）符合規定、5件（1.6%）不完全符合規定及24件（7.7%）不符合規定，各類不符合規定情形如下：（1）標示誤導有7件，含黑豆類3件、綠豆類2件、素麥類1件與蔥餅類1件。（2）應標示而未標示有12件，其中玉米類8件與黃豆類4件。（3）標示錯誤有5件，皆為黃豆類。標示不符合規定者，均已分別函請各所轄之縣市衛生局，依據食品安全衛生管理法依法處辦並輔導業者進行正確標示，冀落實基因改造食品之相關標示規定。
為落實基因改造食品標示政策，食藥署將持續執行市售基因改造食品監測檢驗及其標示符合性調查計畫，讓消費者在選擇產品時有清楚與正確的資訊，加強保障國人在選購含基因改造成分食品時「知」的權益。有關基改食品之各項標示規定與監測結果，民眾可自行至食品藥物管理署網站(http://www.fda.gov.tw)查閱。