有關針對牛肉開放政策遭到質疑，衛生署再次強調，台美牛肉議定書之模式與美韓議定書之模式係相同的。對於質疑台美議定書未納入我國動物防疫檢疫規定一事，衛生署表示，美韓牛肉議定書係將韓國國內肉品疫病管理規定納入議定書中，台美牛肉議定書則專注在「進口美國牛肉進口之牛海綿狀腦病(BSE)相關措施」，其他動物疫病之相關規定須符合我國現行「動物傳染病防治條例」，包括口蹄疫、牛瘟、牛接觸傳染性胸膜肺炎及非洲豬瘟等疫病規定仍需符合我國之要求；至於進口牛肉產品之衛生檢驗項目包括殘留農藥、動物用藥及微生物檢驗項目，檢驗結果符合衛生法規始得輸入；另外有關美韓議定書所載之品質評估制度(QSA program)，實際上美國農業部業已公布對台灣實行之品質評估制度草案，日後進口美國牛肉產品時所檢附之證明文件需加註足以證明檢疫條件及經QSA認證之產品，始得辦理報驗。
我國開放條件與範圍絕不比韓國寬鬆，亦有權進行必要的查廠，發現不合格產品之後續處理甚至比韓國更為嚴格。目前全世界已經有50 國「全面開放」美國牛肉進口，包括瑞士、印尼、菲律賓、馬來西亞等，項目包括帶骨及不帶骨牛肉、牛內臟及牛絞肉等。本次開放僅係指「有條件開放」30 月齡以下帶骨、不帶骨牛肉、絞肉及非特定風險物質之內臟，這些產品係國際上公認可自由貿易之產品，並且已依國人飲食習慣進行最嚴格健康風險評估，以確保所估算的風險能涵蓋任何食用條件的國人，結果發現所有的牛肉產品風險皆在可接受的範圍之內。
衛生署再次強調，牛肉開放政策完全根據世界動物衛生組織(OIE)規範，一定會嚴格把關，也將要求牛肉進口商依據衛生署公告自民國98年11月2日起全面實施之「食品業者投保產品責任保險」，強制為其進口牛肉產品投保責任險。
衛生署並會加強輔導商家善盡告知義務，讓消費者明確知道食用牛肉的來源。目前國內若干連鎖性餐廳、平價牛排館，基本上都有在餐廳入口、菜單上註明牛肉來源。衛生署將持續請各縣市衛生局，對轄區內餐廳進行加強輔導。衛生署的標準絕對是以更嚴格的把關標準要求美方提供最為安全的進口牛肉。