全民健保為社會安定及民眾健康照護的基石（如重大的天災及疫情發生時均能確保民眾就醫無礙），其穩定至為重要。目前全民健保確實面臨諸多須改革事項，其中又以財務改善為最。由於受到人口日趨老化、引進新的醫療科技、對急重症病患加強照護等因素的影響，使得醫療費用大幅成長，導致保險費之收入長期皆不足以支應醫療費用支出，早已達到依法必須調整費率要件，然近年來，政府考量經濟環境不佳，為避免增加民眾之負擔，衛生署及健保局一向儘可能以開源節流及多元微調的方式，取代費率調整。
雖然目前健保財務困難(預計98年12月底止，健保財務收支累計短絀將達554億元)，衛生署仍會依照行政院指示，竭盡一切努力，先就各項有利於健保改善財務穩定的措施積極辦理。我國為健保制度先進國家，對於調整費率並非完全不能接受，而是要求行政可以處理之財務問題先行解決。我們的努力在此跟大家說明：
一、藥價差的削減
外界最常質疑的藥價差，常被誤解稱為藥價黑洞，認為這部份就可以解決健保財務的問題，其實它只是醫療院所採購藥品時的一種折扣。而為縮小這個差距，健保局這幾年來，非常積極的參考市場價格調整藥價，自85年到今，總共調降約300多億元的藥品費用，藥價差已縮小許多，而藥價調整的費用也會充分的運用在提升用藥權益上面，例如：癌症標靶藥物治療藥物、化療輔助藥物、B型肝炎及C型肝炎使用之藥品、降血脂藥物等。
二、減少醫療浪費
對民眾所關心的醫療浪費，我們除了會對極少數不法之醫療院所加強稽核，避免虛報醫療費用以外，專科化導致民眾重複看病領藥之浪費問題，衛生署為此已推出了整合性醫療計畫，鼓勵醫院對於有多種慢性病的病人，尤其是老人家，可以掛號一次，就能提供病人完整的診療，不用多次掛號，領藥也不會重複，這樣對病人用藥，也比較安全，醫療品質也會提升。當然，順帶的也會減少醫療浪費。至於因檢查、檢驗而必須看結果的情形，我們也會協調醫療院所能主動通知或免除掛號費。
三、積極處理地方政府欠費
有關地方政府積欠健保費補助款的部分，事實上該筆款項係屬健保局帳目上之應收帳款，影響所及僅是健保局必須向銀行融資以便支付醫療費用，不會增加健保財務短絀，對民眾之權益並無影響。衛生署及健保局已積極洽請地方政府分年編列預算償還，並已有相當之進展，以妥適處理此一問題，另將配合中央及地方財政劃分之檢討，提出修法建議統一由中央負擔保費，並經行政院核定後送立法院審議，希望立法委員大力支持。
四、增闢健保財源
在開闢財源方面，感謝立法院之支持，菸捐自98年6月1日調高為每包20元，每年增加挹注健保安全準備70餘億元，並自98年10月1日將軍公教全薪比率自90.67%調高至93.52%、第1類第4目及第5目最低投保金額由33,300元調高至34,800元、第4類及第5類定額保險費由1,317元調高為1,376元，每年約增加保險收入16億元；本署亦已規劃，未來總額協商將與財務相扣連，以落實財務責任制度，並適時檢討費率與給付範圍，確保財務缺口不再擴大。
五、弱勢民眾之保障
弱勢民眾的保障，是衛生署最重要的目標，除了像這次的風災提供民眾保費補助及就醫費用減免外，為了擴大對經濟弱勢家庭的照顧，自98年6月開始，已利用調整菸品健康福利捐所增加的一部分收入，對低收入邊緣家庭依經濟能力補助他們應自付的健保費，也就是家庭收入為低收入戶標準的1~1.5倍者，補助50%，家庭收入為低收入戶標準的1.5~2倍則補助25％，預估受惠民眾有47萬多人，每年補助金額超過14億元，大大降低了貧窮邊緣家庭的經濟負擔。但為了長久之計，將來要進一步修改健保法，建立低收入邊緣戶補助的法源依據，以籌措長期而且穩定的財源來幫助這些家庭，並使菸品健康福利捐可以更靈活的用於協助更廣大需要協助的民眾。
六、提升保費負擔公平性
另考量當前M型社會下，貧富差距懸殊，且日益擴大，為充分反應社會保險量能付費的精神，也就是收入高的多負擔些，收入少的少負擔些，因此，未來也將規劃進一步提高投保金額上限，拉大投保金額上、下限級距，由目前的7.6倍擴大為10~15倍，讓高所得者負擔較多的保費責任，使整體保費負擔更具公平性。
衛生署及健保局將盡一切努力維持健保的正常營運，非不得已不會進行費率調整，以前是如此，目前亦如此。
為澈底解決財務問題，未來仍將繼續推動健保財務制度改革，改以「家庭總所得」或「個人總所得」作為保費計費基礎，惟因此項財務改革影響層面廣大，必須先與社會各界充分溝通，建立共識之後，才能順利推動。目前符合改革精神的二代健保修法案已送請立法院審議中，希望立法委員及社會大眾能予以支持，以早日落實改革的目標。