衛生署於91年6月，依據人體器官移植條例第十條之一第二項規定，成立財團法人器官捐贈移植登錄中心，做為建置「願意捐贈器官」、「等待器官移植者」之資料庫，並自94年4月1日起，施行公平、公正、公開透明之線上器官分配作業。

國內施行器官捐贈移植已逾20年，早年均仰賴民間團體，如中華民國器官捐贈協會等，協助推廣器官捐贈之觀念，所勸募、捐贈之大愛器官，也僅由各醫院自主配對，因此，自94年起，由移植醫學及倫理專家共同建立統一之器官分配制度，凡因器官衰竭而需要器官移植的病人，只要經醫師評估確定後，均會登錄於器官捐贈移植登錄系統，當有適合的往生者願意捐贈器官時，醫院會將捐贈者資料登錄於該系統，再依據「器官分配原則」進行配對後，列出適合移植病人的排序名單，醫院即依據此名單進行移植，以避免人為的干預與操縱。

對於台大醫院發生HIV器官誤植事件，衛生署表示，財團法人器官捐贈移植登錄中心為一民間團體，不具公權力，亦無實質病歷或原始檢驗報告審查權，無法進行審查與複核，因此醫院上傳至器官捐贈移植登錄系統之資料仍應由上傳醫院負責確認。此外，我國的器官分配制度，迄今已施行超過6年，也逐漸建立起民眾之信賴；此事件所造成之遺憾，確實讓人痛心，但不應該讓單一事件，使得長久以來辛苦建立之器官分配機制受到波及、傷害。

目前，衛生署已積極調查事件之根本原因，也將盡全力協助病人恢復健康，並不斷尋求改善，希望社會大眾一同給予器捐制度支持與鼓勵。