衛生署食品藥物管理局表示，台灣僅開放基因改造黃豆及玉米2品項，並須辦理查驗登記通過安全審查取得許可證後，始得輸入或上市，而且凡使用基因改造黃豆或玉米為原料之食品，必須明確標示，作為消費者選購產品之參考。
為基因改造黃豆及玉米申請案之審查，衛生署邀集分子生物、農藝學、農業化學、毒理學、免疫學、營養學、生物化學、微生物學、醫學、生物技術及食品科學等相關領域專家學者，組成基因改造食品諮議會，依據基因改造食品之安全評估方法及混合型基因改造食品安全性評估原則，逐案嚴格審查，其審查之重點包括產品的毒性、過敏誘發性、營養成分及抗生素標識基因等，以確保基因改造食品之食用安全。目前核准計有42件玉米及7件黃豆基因改造食品，皆係公布於衛生署食品藥物管理局網頁(http://www.fda.gov.tw)。衛生署每年監測250件以上黃豆及玉米相關產品，凡含有基因改造原料者，皆使用經查驗登記許可之品系。
按法規規定，以基因改造黃豆或玉米為原料佔最終產品總重量5%以上之食品，必須強制標示「基因改造」或「含基因改造」字樣。醬油、黃豆油（沙拉油）、玉米油、玉米糖漿、玉米澱粉等產品因不會含有轉殖基因片段或蛋白質，因此得免標示。自91年起每年監測約300件以上樣品，其標示不合格率約2~10%，且逐年減少。
為保障國人之健康，衛生署仍持監測，並呼籲民眾應選購標示清楚之產品