衛生署長邱文達8月6日代表團抵菲，於台菲衛生合作會議8月7日與菲律賓衛生部長進行台菲衛生合作會議。此次會議具下列重大意義:
1. 繼歐盟之後，中斷多年的台菲衛生合作破冰之旅：繼歐盟之後，出 訪沒有邦交的菲律賓，與衛生部長Dr. Enrique T. Ona、副部長及菲國官員作雙邊會談和技術會議，這是雙邊中斷合作推動多年後，首度恢復互訪。我國代表處王樂生大使，在此次的安排上作了很大的貢獻。這次的會談是源於上兩次會議的成果，一是去年在美國舊金山舉行的APEC會議，另一是在日內瓦舉行的65屆WHA。Ona部長在這兩次會議中聽過我們的演說後，深覺台灣是菲國共同合作的最好對象，因此邀請我們來訪。
2. 患難見真情，感人的會議過程：代表團到達菲律賓時，馬尼拉就已經是到處淹水，全國停班停課，會議因此延至8月7日晚上六點才開始進行。菲律賓代表團克服一切困難，有些要渡過淹水區，部分與會代表先將自己的親人安置在安全的地方後趕來開會，他們在救災的百忙當中與會，並獲得很好的成果，令人非常感動，譬如Ona部長稍早剛和艾奎諾總統開完救災的會議後就立即趕來，充分顯示菲方的的誠意及決心。
3.允諾協助救災，並捐贈救護車及救災醫療器材：會議一開始，雙方討論救災經驗，隨後台灣捐贈兩部救護車及救災醫療器材，同時也承諾如果有需要，會協助菲國的救災行動。
4. 協助災後防疫，並提出請求救助本國僑民：有些受困的僑民，我國的王樂生大使及代表處，都順利的?助解決相關問題，邱署長亦向菲國部長提及希望確保我國僑民安全，同行的CDC團員也表達，我們願意提供災後的藥物及疫病預防的經驗及心得。
5. 確立台菲?生合作七項協議：
（1）希望協助參與WHO，菲律賓是WPRO(WHO西太平洋區屬辦公室）的總部，WPRO會議多在此舉行，希望我們能多參與技術性會議，（2）Ona部長對台灣醫療PPP（public private partnership，公辦民營）表達高度興趣，列為日後合作重要議題，會中邱署長並分享其OT, BOT經驗。（3）菲方表達非常希望學習我國全民健保（4）在菲國登革熱疫情相當嚴重，每年有近800人死亡，菲律賓是我國登革熱境外移入最多的前三個國家之一，雙方將在此一領域互相交流合作。（5）國健局提出非傳染性疾病的防治及婦兒健康議題，將提出討論並作進一?合作。（6）另外，菲國也將派人來台灣學習幹細胞治療及骨髓移植等先進的醫學。（7）最後，菲方也同意來台參加台灣衛生論壇，同時也藉此機會將參訪OT, BOT之醫院。台菲衛生合作會議8月7日於馬尼拉舉行這七項合作雙方已建立窗口，同時9月第一週將啟動視訊會議先行討論，11月將安排菲方代表團訪台。此次台菲衛生合作會議可謂成果豐碩。
此次菲律賓之行，除了加強台菲之間的醫藥衛生合作關係外，最重要是希望建立今後與非邦交國部長級的合作「模式」，並擴展到其他國家。此外，此行成功最須感謝的是駐菲王樂生代表及所有代表處同仁的全心投入，沒有他們積極、熱誠及細心的安排，此行是不可能的。再次感謝外交部的協助。這也是衛生與外交結合在非邦交國，繼歐盟之後的典範模式。