為積極擴大台日雙邊多層次、多面向之合作關係，並因應產業全球化趨勢，擇定生技醫療重點產業及配合台日產業合作搭橋方案，台日雙方將於亞東關係協會及交流協會架構下，就簽署「台日藥物合作框架協議」積極進行協商，並秉以互惠原則之目標儘早完成簽署。
未來食品藥物管理局即透過本協議與日方就台日藥品、醫療器材及化粧品等法規管理議題提出討論與解決機制，以促進兩國藥政法規協和化及強化台日間藥政合作關係，同時透過此平台，即時有效掌握兩國用藥安全資訊動態。
新時代的台日關係，經過多年的努力與整合，已進入最佳境界，目前台日之間雖無正式外交關係，惟近幾年雙方在經貿、觀光及交通等方面交流互動緊密，不僅已深化台日友好關係，更開創雙方合作新紀元。
依據觀光局統計資料，2011年約有128萬人次日籍旅客來台觀光或從事經貿活動，台灣旅客則約有110萬人次前往日本觀光旅遊。台日人民在如此頻繁的交流下，不可避免的會購買或使用台日業者製造之醫藥產品，因此，如產品製造、運送或保存不當，導致發生不良品事件，將危害到消費者之健康與安全，是故，台日雙方應就不良反應通報進行合作，加強資訊交流與事件發生後相關處理機制，以保障台日消費者之健康與安全。
相信藉由雙方協議的合作，不僅促進雙方民眾之用藥安全及品質，帶動雙方醫藥產業國際競爭力，以及充實雙方政府藥政法規、安全等資訊。希望藉此台日雙邊藥政合作，再創台日雙贏佳績。