近年來社會陸續發生3歲以下幼兒等待器官移植事件，衍生3歲以下幼兒腦死判定之議題，本署為符合臨床實務及健全法規，進而研修腦死判定準則（以下簡稱本準則），並於101年12月17日修正發布施行，本次修正重點如下：
一、開放足月出生(滿37週)至未滿3歲之幼兒，得依本準則進行腦死判定。
二、未滿3歲之幼兒仍為發育階段，對於缺氧或腦傷耐受性較大，醫師若有確認是否為不可逆之深度昏迷、腦幹功能完全喪失及無自行呼吸之疑慮時，得增加施予輔助測試以確認之。
三、兩次腦死判定間隔時間，依病人年齡區分為：3歲以上者，維持舊有規定，至少間隔4小時；1歲以上未滿3歲者，至少間隔12小時；足月出生未滿1歲者，至少間隔24小時。
四、配合腦死判定適用年齡之放寬，足月出生未滿3歲者之腦死判定，應由具腦死判定資格之小兒科專科醫師為之。
本準則係依據人體器官移植條例第4條第2項規定訂定，自93年8月9日發布施行以來，迄今歷經8年，雖未修訂，本署仍於98年委託台灣小兒神經醫學會進行「台灣3歲以下小兒腦死判定及器官捐贈前驅性研究計畫」，及99年6月邀集專家及相關專業團體研商修正事宜；惟基於醫學倫理、醫學實證及法律考量，未能取得一致決議。今年6月本署責成財團法人器官捐贈移植登錄中心召開會議，廣徵各界意見後，終能獲得共識，完成本準則之修正。
本署深刻瞭解3歲以下幼兒之家屬苦無器官來源之痛苦，惟其器官來源代表的是器官捐贈者生命之結束，並延續待移植者之生命，法規鬆綁須兼顧醫學實證、醫療技術及醫學倫理三者之平衡。本次腦死判定準則放寬適用年齡，明訂3歲以下幼兒之腦死判定程序，使其有明確的法制，可以讓有意完成大愛的家屬，其心願更能得以實現。