二代健保改革之核心價值之一為資訊揭露，為了讓醫療院所之財務狀況更加透明，同時亦能讓付費者更加了解院所之經營情形，自102年起，特約醫療院所領取的健保醫療費用超過6億元，需於隔年十月底前提供經會計師或審計機關審定之財務報表，健保局並於12月底前登載於健保局之全球資訊網，讓全民共同查閱監督，使醫療資源之配置與運用更具效益。
依據二代健保法第73條規定，保險醫事服務機構當年領取之保險醫療費用超過一定數額者，應於期限內向保險人提報經會計師簽證或審計機關審定之全民健康保險業務相關財務報告，保險人應公開之。健保局於研擬前開資訊公開辦法草案內容時，為期規範更加周延並具可行性，經多次邀請消基會、醫改會、醫界代表、會計師公會、教育部、審計部等各相關單位，共同開會討論提報之門檻及報表格式，目前已經完成「全民健康保險特約醫事服務機構辦理財務報告資訊公開辦法(草案)」，重點包括：
一、 財務報告編製原則：
1. 醫療法人服務機構應依醫療法人財務報告編制準則編製。
2. 公立服務機構應依主計機關規定之編製準則編製。
3. 其他服務機構應依一般公認會計原則編製。
二、 財務報告提報門檻：
1. 第一至三年超過六億元。
2. 第四至五年超過四億元。
3. 第六年以上超過二億元。

三、 財務報告內容：
1.資產負債表 2.收支餘絀表 3.淨值變動表
4.現金流量表 5.醫務收入明細表 6.醫務成本明細表
經健保局就100年資料初步分析，一年領健保醫療費用超過6億元以上之院所共計103家，占醫院層級總額健保費用之84.10％，其中醫學中心19家，區域醫院71家，地區醫院13家，這103家均需提報財務報告。
醫事服務機構未依規定提報財務報告，或經健保局通知補正，逾期未補正者，保險人應予以輔導，經輔導仍未改善者，則將依醫事服務機構特約及管理辦法，予以違約記點。
前開辦法草案依規定應提健保會討論後，報主管機關核定發布，藉由以上財務報告資訊公開辦法之實行，讓健保資訊公開，擴大民眾參與。