食品藥物管理署（簡稱食藥署）強調人用藥品與動物用藥品應分流管理，且人用藥品供動物使用，係為解決動物用藥不足之權宜措施，正本清源之道，為農委會參照人用藥品有精簡審查制度、建立專案進口制度、建立人用藥品進退場機制。
藥事法係規範人用藥品之審核及管理，提供人類安全使用為目的，人用藥之核准係依據人體臨床數據及科學證據為基礎，動物與人之生理機制、作用機轉不同，先進國家基於保護動物立場，係在無動物用藥可用情況下，才例外准許獸醫師於審慎評估下使用人用藥品。
有關動物用藥短缺議題，食藥署與農委會一直以來共同合作解決動物用藥不足及兼顧人用藥品之流通管理，食藥署已於動保法修法過渡時期，協助農委會評估得使用於非經濟動物之人用藥品共計116項及管理方式等資料，以解決現行動物用藥缺藥之問題，且食藥署將持續協助進行專案審查，其他經農委會認定使用於動物安全無虞之人用藥品，食藥署評估審查主要原則為1.不同意開放麻黃素類製劑，以防堵流向製毒、2.抗微生物製劑應審慎評估，以避免人畜共通菌產生抗藥性。
食藥署並已函請農委會防檢局公告「暫行動物用藥替代品項管理原則」，以為修法過渡時期之作業依據，未來食藥署亦將依動保法修正條文，配合農委會訂定人用藥物用於動物之販賣、流通、使用、管理及其應遵行事項之辦法，俾利現行動物用藥缺藥之問題得以法制化解決。