依照「全民健康保險扣取及繳納補充保險費辦法」規定，扣費義務人或扣費單位104年就源扣繳之健保補充保險費明細資料，應於105年2月1日前(因105年1月31日適逢假日順延)向健保署完成申報。健保署特別呼籲，扣費義務人或扣費單位請儘早利用網路申報，俾免集中於1月底申報造成網路壅塞。
另健保署表示扣費義務人申報之健保補充保險費明細資料，將提供綜合所得稅運用，為完整、正確提供民眾綜所稅申報列舉扣除健保費，請扣費義務人務必配合於期限內完成扣繳申報。
為協助扣費義務人順利辦理申報，健保署提供下列多元網路申報方式，扣費義務人無需另外檢送申報書至健保署，健保署於收到申報檔案的次一工作日，將以電子郵件通知申報結果，請多加利用，並請提供正確電子郵件信箱。
一、 使用健保卡網路申報方式：
扣費義務人僅需於讀卡機置入健保卡，並填具補充保險費明細資料後，逕自網路上辦理申報。
(申報路徑：健保署全球資訊網(http://www.nhi.gov.tw/)/二代健保/補充保險費作業專區/投保單位及扣費單位申辦服務及查詢/2-3補充保險費網路明細申報及列印)
二、 使用政府電子憑證網路申報方式：
扣費義務人填具補充保險費明細資料後，以工商憑證、組織團體憑證、政府機關憑證或自然人憑證辦理申報。
(申報路徑：健保署全球資訊網(http://www.nhi.gov.tw/)/二代健保/補充保險費作業專區/投保單位及扣費單位申辦服務及查詢/3.使用憑證專區/3-4各類所得扣繳補充保險費明細申報作業)
三、 免用政府電子憑證網路申報方式：
扣費義務人填具補充保險費明細資料後，以免憑證方式辦理申報。(申報路徑：健保署全球資訊網(http://www.nhi.gov.tw/)/二代健保/補充保險費作業專區/投保單位及扣費單位申辦服務及查詢/2?2各類所得扣繳補充保險費明細申報作業(免憑證))
扣費義務人如有申報相關問題或疑問，請撥打健保署及其轄區業務組或健保署免費服務專線0800-030-598洽詢。