針對外界質疑，因食品藥物管理署(下稱食藥署)於頂新油品檢驗總極性化合物含量採快篩檢驗方法，而遭彰化地方法院認有疑義，食藥署提出說明，該快篩方法是經過方法評估，確認與公告方法「食用油脂中總極性化合物之檢驗方法」相當，故該篩檢技術前於本署100年12月發行之「油炸油安全管理簡易手冊」已採行在案。針對彰化縣衛生局於103年10月24日送驗頂新爭議油品快篩結果為40%，食藥署亦另以公告方法進行檢測，檢驗結果為39.7%，其結果並無明顯差異。