行政院發言人孫立群今(14)日表示，為有效防止登革熱疫情持續擴散，行政院已於今日晚間成立「中央流行疫情指揮中心」，並將於明(15)日由副院長張善政召開第一次會議，整合衛福部、環保署及國防部等，進行跨部會協助地方防疫。孫發言人並指出，衛福部疾病管制署及環保署於網站成立「登革熱專區」，提供最新防疫訊息供民眾查閱；國防部自104年8月11日迄9月13日，計已派遣兵力2,595人次，消毒面積總計535萬0,376平方公尺。行政院並於9月10日核撥4,200萬第二預備金挹注臺南市政府防疫工作，也請高雄市視疫情發展隨時彙整提出需求。
孫發言人表示，登革熱防治向為中央所重視，以今（104）年為例，相關部會於2月起即陸續展開相關防治作為，並函請地方政府配合辦理，如：環保署於2月12日函請中央部會署暨所屬機關巡檢權管空地空屋；2月24日函請地方政府及環保局依「104年全國登革熱孳生源複式動員檢查評比專案計畫」，全民動員清理清理病媒蚊孳生場所、廢棄積水容器。教育部也於2月間函請臺南市學校配合臺南市政府於登革熱流行季前針對轄區內高風險場域辦理聯合稽查作業。中央「104年第一次登革熱流行疫情處理協調會報」於4月24日召開，邀集相關部會與地方政府共同研商今年登革熱防治因應作為。
孫發言人指出，毛院長於6月4日於行政院院會聽取衛福部報告時即針度高雄市發生首起登革熱群聚疫情，憂心發生大規模流行，指示衛福部、環保署協同高雄市及各地方政府強化相關防疫作為。隨8、9月份疫情升溫，行政院於8月13日召開「強化中央部會權管房舍土地登革熱防治工作討論會議」、9月4日召開「登革熱流行疫情處理協調會報」，由張副院長主持，統籌跨部會力量與地方政府通力合作，儘早阻斷登革熱疫情，保障民眾健康。
孫發言人進一步表示，為強化疫情控制，中央指示由衛福部統一採購登革熱快速篩檢試劑，並以公費方式提供民眾快速篩檢，另並協調國軍以更具彈性之調度方式，配合地方防疫需要，持續投入專業兵力進行環境消毒工作。有關中央各部會權管房舍土地的環境清理消毒工作，張副院長除要求以開口契約方式立即處理外，並責由環保署加強列管查察，如經查獲存有孳生源者，一律嚴予議處。另，環保署並於9月11日至13日辦理全國動員「清除孑孓行動日」，各縣市同步進行孳生源清除，後續並將檢視分析成效，持續辦理，落實環境清理消毒工作。
孫發言人進一步指出，在宣導方面，除中央、地方政府機關共同投入防疫工作外，也請防疫有成之學校（如成大），以及模範社區、村里等，協助進行宣導，以落實全民防疫，讓民眾體認防疫無例外的重要性。衛福部為加強民眾衛教溝通，自5月1日起就登革熱議題接受各媒體邀訪共26場，並安排自7月21日至9月30日在全國72處LED跑馬燈、20處LCD液晶電視、8月1日至9月30日於全國200家廣播電台、6家無線電視台，宣導登革熱防治相關訊息。
為提升病例偵測效能，減少重症與死亡個案，衛福部並成立「登革熱醫療支援隊」，與國內外專家進行交流，並依地方需求提供醫療院所診斷及處置專業建議；近期則於9月11日召開「登革熱專家諮詢會議」，由部長主持，邀請臨床醫療與流行病學、病媒防治、病毒學與疫苗等相關領域專家與會，提供建言。