為鼓勵民眾、內部員工勇於檢舉食品安全不法事件，食品藥物管理署(以下簡稱食藥署)於104年6月3日公告「食品安全衛生檢舉案件處理及獎勵辦法」(原為「檢舉違反食品衛生案件獎勵辦法」)，提高重大食安檢舉案件獎金核發比率為至少50%以上，明定檢舉獎金得不予追回之相關規定。此外，為暢通檢舉管道及迅速確實處理食安檢舉案件，亦明定多元化之檢舉管道、納入受理檢舉案件管轄及處理之相關規定，並全面強化食安檢舉案件相關保密機制，以完善保障檢舉人權益。
為強化食品安全衛生檢舉案件處理及獎勵機制，食藥署依據103年12月10日修正公布食品安全衛生管理法第43條第2項之規定，公告修正「檢舉違反食品衛生案件獎勵辦法」，並修正名稱為「食品安全衛生檢舉案件處理及獎勵辦法」，本次修正重點如下：
一、 提高「違規情節較重大」檢舉案件獎金核發比率。
二、 暢通食安檢舉管道，不僅限於書面方式才可提出檢舉。
三、 參考「證人保護法」保密規定，明定禁止申請閱覽抄錄檢舉人相關資料，強化檢舉人權益保障。
四、 提升食安檢舉案件辦理效能，新增檢舉案件相關管轄及處理規範。
未來只要檢舉食品攙偽、假冒、逾有效日期或使用違法添加物等重大食安事件，縣市衛生局得將罰鍰實收金額一半作為檢舉人的檢舉獎金，即使檢舉案件最終獲判無罪定讞，只要檢舉內容屬實，檢舉獎金得不予追回；至於一般食安檢舉案件若查獲屬實，則得依罰鍰實收金額20%額度發給檢舉獎金。
檢舉人如果是檢舉特殊重大食安事件，主管機關除上述檢舉獎金外，得額外另發給檢舉人10-200萬元檢舉獎金，又考量以往多項重大食安事件(如黑心油品事件等)係由民眾檢舉抑或公司內部員工舉發，食藥署於檢舉獎勵辦法內增訂「良心員工」條款，提高檢舉獎金核發比率，如檢舉人為現職或離職員工檢舉其違法業主，其額外另發給獎金的上限得提高至400萬元；目前各縣市衛生局皆已編列檢舉獎金相關預算，檢舉人符合各縣市衛生局之檢舉獎勵要件者，由各衛生局依權責核發檢舉獎金，各縣市政府依地方自治，倘遇有重大案件於其財源充裕下，可核予檢舉人更高額之獎金。此外，為積極查辦食品安全衛生相關檢舉案件，食藥署已建置中央檢舉專線(02)2787-8200；各地方檢舉專線則可撥打1999服務專線，如接獲民眾檢舉電話，由專人錄案並錄音管理，對檢舉案件進行徹查。
食藥署強調未來仍持續盡最大努力，持續督導各縣市衛生局編列檢舉獎金之預算，並透過適切管道或活動，多方宣導檢舉獎金制度、獎金領取程序及檢舉應提供之資料等，以有效落實鼓勵民眾檢舉及提升檢舉成效，共同守護食品安全。