針對某自稱菸權團體之人士到監察院檢舉國民健康署「違法失職」、「圖利特定政黨與個人」及「政策措施失當」等，國民健康署表示，該等指控違反事實，涉及誣告罪的部份，已交由律師循法律途逕處理。國民健康署指出，菸捐最大用途是挹注健保，彌補因吸菸造成的額外健保支出；若沒有菸捐，健保在93年就已必須調漲保費，否則恐已面臨倒閉危機，結果在保費入不敷出之下，一直維持到99年才調漲，即是因菸捐的挹注。此外，菸捐也補助了社福機構、弱勢者健保費、偏遠地區醫療等。國民健康署表示，吸菸者是受害者，而菸害防制是為保護吸菸者、家人及其周遭人的健康。該團體攻擊、污名化國民健康署與菸捐的行為，反對菸害防制，形同是站在與菸商同一邊，而不是站在保護吸菸者生命權、健康權、家人健康幸福的這一邊。該署希望該團體能立即公布發起人成員背景及經費來源，儘速釐清與菸商間之利益關係。
國民健康署嚴正表示，該署為政府機關，有關菸捐之分配、使用，悉依政府預算及決算程序辦理，並接受立法院預算審查及接受會計單位審核。其中，菸捐補助民間團體，亦依法律規定，編列於預算中，並依據中央政府各機關對民間團體及補（捐）助預算執行應注意事項、衛生福利部補(捐)助款項會計處理作業要點，以及菸害防制及衛生保健基金審議作業要點等三項規定，進行審查及補助；各補（捐）助案件於執行後，均須將原始憑證連同收支明細表，彙送機關審核，並按季於機關網站公開，且年度補助報表均依規定報上級機關、行政院主計總處及審計部。
國民健康署說明，行政單位審查補助申請時，係依法令規定之內容與流程，就其用途與經費之合理性等等進行審查，並無政治考量。誣控者把一個少於10萬元、小額的部份補助案，講成是發包整個農民曆；繼而又擴大誣指為幾百億在替某政黨助選，會不會太誇張?
有關菸捐用途一事，國民健康署再次嚴正聲明，菸捐補助民間團體，係法有明訂之用途，占菸捐總經費約萬分之2，用於協助菸害防制、癌症防治或健康促進，其中，有一小部分被質疑其活動主題似乎不是菸害防制等，係因活動本來就不是由菸捐主辦，而是僅予以小額的部分補助，將菸害防制、癌症防治或健康促進，納入於該活動或印刷品中(例如該團體所稱侯姓委員之農民曆，其經費乃係民間另籌，國民健康署僅以小額經費在農民曆刊登菸害防制宣導)。最主要是若直接印製完全以菸害防制為目的之印刷品，或全額補助辦理一個以健康為名的大型活動，其經費將非常高，動輒數十萬或數百萬以上，且流於教條、單調，民眾亦不感興趣，效益極低。因此，以小額部分補助方式，可以大幅節省公帑，另一方面，將嚴肅的衛生教育，納入於民間團體另籌經費辦理之活動（如鐵人三項賽倡導運動）或民間出版品（如農民曆及美食手冊中，有菸害及健康飲食衛教內容），可將健康訊息傳遞予活動本身吸引到的人群。由於是小額(數千元至10萬元以下)，因此，雖在公開的資料中看似有好幾個活動或計畫，但事實上補助的經費額度極小，並無所謂發包印製之情事，更絕無補助浮濫、甚或圖利特定政黨與個人之情事。
由於對菸捐與菸害防制機關及人員之污名化行為，將對菸害防制產生不可回復之傷害，因此，國民健康署對於侮辱公務人員及公署等行為，將收集事證，移請司法機關偵辦，以避免菸害防制受制，國民健康受創。對於2月3日某團體到監察院檢舉國民健康署「違法失職」、「圖利特定政黨與個人」及「政策措施失當」等，國民健康署表示，會將詳細資料提供予監察院。該等指控違反事實，涉及誣告罪的部份，已交由律師循法律途逕處理。國民健康署也呼籲，全民一起來監督，要求該團體將人員與經費來源攤在陽光下，釐清與菸商是否有利益關係。
國民健康署表示，依「菸害防制法」第四條規定，菸品健康福利捐（以下簡稱菸捐）應每2年進行評估；而菸捐上一次調整係98年，該署依法完成相關評估後，逐級送至行政院審查，於102年5月9日經行政院第3346次會議決議提出調高菸捐20元、菸稅5元之草案，送立法院審議。其後續審查時程、優先性與最終之審議結果，為立法機關權限，並涉及各政黨以及社會各界之溝通與共識，故調漲菸捐已非新聞，亦非個別官員為或不為之個人取捨，乃是法律明定之行政義務。現歷經6年菸捐未調漲，即使依草案一元未刪，亦等於是一年漲不到5元。南韓最近的調漲菸捐行動，則是從今年元旦開始，一包香菸平均售價從2,500韓元(約2.48美元)漲至4,500韓元(4.46美元)，一次漲約60元臺幣，促使91%的受訪者表示「今年決心戒菸」。
世界衛生組織建議提高菸價為最強而有力的菸害防制策略。依世界銀行菸品價格彈性係數，菸品價格上升10％，菸品消費量下降4-8％。而我國的經驗，98年菸捐調漲10元，成人吸菸率降幅達8.7％ (21.9％降至20％)；紙菸總消費量降幅13.6％(22億包降至19億包)。更重要的是，以25-39歲男性分析，教育程度低者，吸菸率下降幅度最大，例如97年與100年相比，國中以下教育程度，吸菸率由72.7%降到58.1%，降幅達2成；而高中職程度者，由55.5%降到51.3%，大專以上教育程度者，由27.8%降到25.7%，則皆僅下降原本之7.6%。這顯示價格上升，對於弱勢族群及其家人，保護效果最大。本次估計若每包至少調高20元、菸稅5元，吸菸率降輻約20.8 % ，可望減少74萬人吸菸，長期社會效益約2,960億。
我國菸價極低，比泰國、馬來西亞低，與中國大陸接近。為國人健康著想，提高菸價有科學上的必要性。至於要以調漲菸捐或菸稅，該署均樂觀其成。惟菸稅為「菸酒稅法」規範，該法並無2年應進行評估之機制，致長達28年未曾調整。有關菸稅是否調高或調高多少，係屬財政部權責，國民健康署表示尊重財政部之意見及行政院、立法院之決定。
菸品健康福利捐每年約300億元，其中約210億元(70%)挹注健保安全準備金；經濟困難者之保險費約18億元(6%)；癌症防治約16.5億元(5.5%)；提升醫療品質約12億元(4%)；菸害防制、衛生保健及社會福利等約各9億元(各3%)；補助醫療資源缺乏地區約7.5億元(2.5%)；罕見疾病等之醫療費用約6億元(2%)；私劣菸品查緝與防制菸品稅捐逃漏及菸農及相關產業勞工之輔導與照顧約3億元(1%)。
承上，菸捐為專款專用，取之於菸害，用之於健康，讓民眾直接受益，其成效包括：
一、 推動菸害防制，建構無菸環境及預防青少年吸菸，國中學生吸菸率由97年的7.8%降至102年的5.2%；高中職學生吸菸率由98年的14.8%降至102年的11.9%；將成人吸菸率由97年的21.9%降至103年的16.4%，減少83萬人吸菸；公共場所二手菸暴露率亦降至8%。
二、 在婦幼方面，菸捐每年提供120萬人次以上兒童接種疫苗、152萬小學生口腔保健服務；補助8千多人罕見疾病患者醫療照護；強化少子化婦幼照護，推出新補助項目，包括新生兒聽力篩檢、孕婦乙型鏈球菌篩檢等，受惠者達53萬多人次。
三、 在成人健康方面，用菸捐推動癌症篩檢，102年就因而篩檢217萬人次，成功搶救3.4萬人生命。另，補助設立8家癌症卓越研究中心。
四、 為因應高齡化社會，菸捐亦用於強化老人健康促進與慢性病防治，包括辦理肥胖防治、檳榔防制、三高慢性病防治、高齡友善城市、健康城市、健康職場、健康促進學校、健康促進醫院等，落實預防勝於治療之工作。菸捐也用於補助縣市衛生保健工作，占各縣市保健業務10%-98% (有15縣市達50%以上)，並由19家醫學中心支援17家醫療資源不足地區醫院，提升醫療品質和偏遠地區照護。
五、 在社會福利方面，菸捐支撐了全國所有公立(13家)收容機構之業務，使失依的老人、兒童、身心障礙者得到適宜且持續的照顧。另更補助24.7萬名經濟困難者健保費。同時每年挹注健保200億元以上，分擔一部分因吸菸造成的健保損失。
六、 同時，也加強查緝菸品走私，計查獲私劣菸品2,129.5萬餘包，市價9億9,566萬餘元，強化菸害防制，減少菸品走私，改善社會治安與貿易秩序。