關於外界質疑健保會議事辦法中，限制委員不能對外轉述會議及代表發言等，形同黑箱作業乙事，本署嚴正澄清說明如下：
一、 全民健康保險會為落實二代健保收支連動的重要關鍵所在，因此本署於研訂其組成及議事辦法（以下稱組成辦法）時，屢次徵詢專家學者之意見，並於草案研擬完成後，立即對外預告，以充分蒐集各界意見，始完成辦法研訂。
二、 組成辦法中對於委員之適度規範，乃為使議事順利運作，並讓社會大眾得到完整的決定過程，目的在保障民眾獲知正確且完整訊息的權利，並未限制委員對外轉述會議或發言，且各項資訊都將於會前或會後公開，故絕非外界所言黑箱作業。
（一） 健保法已明定健保會應於會議7日前公開議程、會議後10日內公開會議實錄，健保會必當遵守相關規定，明（25）日召開第1次會議之議程，亦已依規定於7日前公開，議程依法本為公開之事項，無限制委員對外提供之必要。
（二） 關於未議決之事項如經全體委員討論決議暫不公開者，可暫不公開，但於議決後應即公開乙節，主要係考量部分較為複雜案件，恐非單次會議可討論完畢，於委員仍待討論凝聚共識之階段，一旦經公開，委員意見及討論過程及最後結果將無法一併完整呈現。不過，若委員討論認為無上述疑慮，則仍可公開於會議實錄中。
（三） 健保會之議事涉健保重要事項，有立即讓外界知道其決議之必要（如費率審議），為確保外界得獲取正確資訊，故組成辦法中規定，如果主任委員認為當次會議之決定，有需要於會後立即對外公開說明時，應由指定專人代表健保會發言，此乃類似行政機關發言人制度，目的是讓外界充分瞭解訊息，並未限制其他委員個人之發言。


至於醫療服務給付項目及支付標準共同擬訂會議中之被保險人代表及雇主代表，由保險人洽請健保會推派乙事，係沿用歷來洽請全民健康保險醫療費用協定委員會推薦之作法，以確保共同擬訂會議之穩健運作，說明如下：
一、 有關本共同擬訂會議代表之推派，均沿用原醫療給付協議會議委員之產生方式，故被保險人代表及雇主代表，由保險人洽請全民健康保險會推派。
二、 再者，醫療服務項目及支付標準之增修訂，主要依據年度總額協定結果，故由健保會推派代表，更能於會上闡明當年費用協商時，保險付費者代表之意見。