據報導，為搶進中國大陸市場，國內生技製藥業者只得到中國大陸進行臨床試驗乙事，食品藥物管理署鄭重聲明，依據海峽兩岸醫藥衛生合作協議第十三條之標準規範協調，兩岸合作係在醫藥品安全管理公認標準（ICH、GHTF等）的原則下，加強合作，積極推動雙方技術標準及規範的協調性，以提升醫藥品的安全、有效性。
自「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」於100年6月26日正式生效後，食藥署即與中國大陸就藥品的查驗登記、檢驗檢測、人員交流等積極展開合作。而兩岸醫藥品之交流及合作均在醫藥品安全管理公認標準（ICH、GHTF等）的原則下運作，與世界各國皆相同。藉由推動醫藥品研發合作專案之實際案例，與中國大陸進行全面務實之法規交流，以達與ICH、GHTF之國際規範協調之目的。
食藥署於101年5月8日公告「兩岸藥品研發合作專案試辦計畫」甄選辦法，即為推展兩岸共同開發新藥，並優先推動臨床試驗合作，落實協議第十四條之臨床試驗合作:「雙方同意就彼此臨床試驗的相關制度規範、執行機構及執行團隊的管理、受試者權益保障和臨床試驗計畫及試驗結果審核機制等，進行交流與合作。在符合臨床試驗管理規範（GCP）標準下，以減少重複試驗為目標，優先以試點及專案方式，積極推動兩岸臨床試驗及醫藥品研發合作，並在此基礎上，探討逐步接受雙方執行的結果。」食藥署已完成專案甄選工作，目前已有專案於兩岸進行研發合作，為持續推動兩岸臨床試驗合作與交流，另於102年7月15日再次公告102年度甄選辦法。
兩岸醫藥品研發合作均在符合國際公認標準(ICH)及臨床試驗管理規範（GCP）標準下，以減少重複試驗、探討逐步接受在雙方執行之試驗結果，達到兩岸新藥研發之標準規範協調為宗旨，並透過兩岸藥品研發合作專案試辦計畫，儘快開展兩岸同步執行臨床試驗，以加速新藥研發專案在兩岸上市，進軍國際醫藥市場。