隨著國際交流的日益頻繁，傳染病的全球傳播已成為一重要的公共衛生議題。而國內近期因SARS、登革熱、腸病毒等新興傳染病疫情不斷發生，使國人健康遭到極大威脅。衛生署因此於2005年初在疾病管管制局設立國家衛生指揮中心，期望藉由完善的軟硬體功能與暢通的聯絡通訊系統，建構完整的資訊平台，以因應指揮中心一旦啟動時，能快速、有效地提供指揮官所需之決策訊息。
該局自2005年中即開始建置疫情倉儲資訊系統，整合各個防疫資訊系統資料，並新開發及增修各項線上即時分析資訊系統(包括疫情地理管理資訊系統、傳染病統計資料查詢系統、即時疫情監視及預警系統等)。並自2007年8月著手建置流行疫情決策支援系統，以整合本局各項疫情資訊，一旦疫情發生時，防疫人員得以立即瀏覽各項相關疫情資訊，以增加防治工作效率，並減少進駐之防疫人員分別至各系統下戴資料進行疫情分析，彙整及研判的時間。且為了戰時防疫人員能獲得最新之訊息，系統許多疫情資訊皆採即時更新，包括：最新流行趨勢圖、戰報(word檔案)、個案地理分布(可至鄉鎮村里)、疫情之流行趨勢預測等，及關鍵字搜尋等，俾利進駐人員得以最快速的方式取得所需資料，大幅減少人工彙整疫情資訊之時間。
2008年6月10日正式成立「腸病毒中央流行疫情指揮中心」起，流行疫情決策支援系統即投入支援，在此期間，系統多次協助防疫人員在第一時間交付決策者所需之資訊，使進駐人員之防疫效能顯著的增加。未來此系統將投入更多的疫情防治工作，期能提升我國之防疫量能，快速遏止疫情之擴散，保障我國民眾遠離各法定傳染病之侵襲。