針對中華民國消費者文教基金會發布「市售非基因改造食品含量標示太寬鬆」新聞，對國內基因改造食品之標示及管理提出相關建議乙情，食品藥物管理署表示，我國目前僅開放基因改造黃豆及玉米2品項，且依據食品衛生管理法公告規定有容器或包裝之食品如以基因改造黃豆或玉米為原料，且該等原料佔最終產品總重量5%以上之食品，應標示「基因改造」或「含基因改造」字樣。業者販售前述之基因改造食品，應確實依法標示，該署亦持續進行市售產品之監測把關，同時參考先進國家管理規範，檢討含基因改造黃豆或玉米的食品之標示管理規定。
食品藥物管理署表示，目前查驗登記品系核准計有52件玉米及12件黃豆基因改造食品，皆已公布於食品藥物管理署網頁(http://www.fda.gov.tw)，且每年監測250件以上黃豆及玉米相關產品，凡含有基因改造原料者，皆使用經該署查驗登記許可之品系。另自91年起每年亦監測約300件以上樣品，其標示不合格率約為2~10%，均責成所轄衛生局督導業者改正標示。
食品藥物管理署除再次呼籲業者對所販售之基因改造食品，應依法令規定確實標示外，民眾亦應選購標示清楚之產品，另外該署亦將參考先進國家管理規範，並就國內實務執行面整體考量，檢討含基因改造黃豆或玉米的食品之標示管理相關規定，以使國內標示管理規範符合國際管理趨勢。