菸捐用途係由法令規定，並受立法院、行政院與監察院之監督；沒有“挪用”，也沒有小金庫
對於部份人士有所誤解，亦有某些利益團體不斷透過各種管道，質疑菸捐之用途與管理，加以污名化，國民健康署特提出嚴正說明，以正視聽。
國民健康署表示，衛生部門基於菸害防制之目的與菸害防制法規定，提出菸品健康福利捐每包調漲20元的提案，業經行政院送達立法院。由於以價制量是當前臺灣最須加強、也是國際公認對社會最具成本效益的菸害防制措施，可達到減少菸害、並增加健康福利財源的雙重效益，因而亦遭到利益團體強力之干擾。
國民健康署說明， “捐”與 “稅”之不同，主要在於 “稅”無指定用途，係進入國庫、統籌運用；“捐”則是專款專用，有其指定用途，其用途由法令加以明定。菸品健康福利捐(以下簡稱菸捐)之用途，係依照「菸害防制法」第4條第4項之規定，各用途間之分配比率，則是依衛生署(今之衛生福利部)與財政部所共同訂定之「菸品健康福利捐分配及運作辦法」分配。
現行「菸害防制法」第4條第4項規定，菸品健康福利捐應用於全民健康保險準備、中央與地方之菸害防制、衛生保健、社會福利、私劣菸品查緝、防制菸品稅捐逃漏、菸農及相關產業勞工之輔導與照顧；其分配及運作辦法，由中央主管機關及財政部訂定，並送立法院審查。
各用途之分配比率，依現行「菸品健康福利捐分配及運作辦法」規定，菸捐可分配用於菸農與相關產業勞工輔導與照顧之用 (額度不得超過前一年總徵收金額的1%)；其餘(99%以上) 分配70%作為健保之安全準備，以及: 癌症防治(5.5%)、提升醫療品質(4%)、補助醫療資源缺乏地區(2.5%)、罕見疾病等之醫療費用(2%)、經濟困難者之保險費(6%)、中央及地方之菸害防制 (3%)、中央及地方之衛生保健(3%)、中央及地方之社會福利 (3%)、私劣菸品查緝與防制菸品稅捐逃漏(1%)等。
國民健康署強調，菸捐與菸稅之不同，僅在於菸捐有其法令上指定的用途，但在使用的行政程序與管理上，則與國庫稅收之使用完全一樣，須循政府預算程序，編入預算，經行政院核定，送立法院審查，且其執行與決算，亦完全一樣須受會計與審計單位之審查及查核，絕對沒有所謂的小金庫，也不能加以挪用。如果菸捐有挪用到法定範圍之外，光是在編列時，行政院會計單位就根本不會核准；即使誤編而送到立法院，也會遭立法院所刪除；萬一沒被刪除而被使用了，審計單位在查核時，亦會加以糾正甚至作更嚴厲的處分；事前事後都有重重把關機制。國民健康署重申: 菸品健康福利捐與一般稅收之不同僅在於「捐」之用途係事先明訂；至於其配撥到各部會、各單位後之預算流程、執行與管理審計，與其他政府預算並無任何不同。

菸捐應該只用在菸害防制嗎?
國民健康署說明，有些人以為，菸捐只應該或者只可以用於與 “菸害防制”相關之事項。如前所述，捐之指定用途，係由法令訂定，但是，並沒有限於一定要用在與來源相關的用途上。菸捐之用途，在菸害防制法之母法就有明訂: 除了菸害防制，還包括健保安全準備、醫療品質、衛生保健等等。為什麼會不只用於菸害防制? 因為，菸品稅捐的設計，是要提高有害物品的價格，藉以抑制其使用量，而菸對人體與公共安全的傷害很大、社會成本極高，並且，有很強的成癮性，防制非常不易，所以，各國都須祭出高額的稅捐，將其價格儘量提高，來達到保護民眾的效果。這些高額的稅捐收入，可以用於各種福國利民設施，不須自我設限。但有些人可能存在有誤會；另利益團體亦不希望看到菸品稅捐額度高，而訴求為僅可用於菸害防制，因為，使用範圍越小、越限縮，越可使政府失去調高菸捐的正當性。為了使菸捐無法調漲或使額度壓低，除了質疑用途之正當性，亦有人會說物價高、所以菸捐不應調漲；水電費漲了，所以菸捐不應調漲；失業率高、所以菸捐不應調漲；工資沒增加、所以菸捐不應調漲；……。事實上，對利益團體而言，菸捐永遠沒有調漲的正確時機，但對國民健康而言，卻是時時都應保護國人健康!!
菸捐用於健保安全準備金及各項重大衛生福利施政，福國利民！
國民健康署表示，菸品健康福利捐用於健保安全準備金及各項重大衛生福利施政，已獲致重要且具體成效，包括：推動菸害防制、建構無菸環境及預防青少年吸菸，將成人吸菸率由97年的21.9％降至101年的18.7%，減少47萬人吸菸，公共場所二手菸暴露率亦降至8％。同時每年挹注健保200億元以上，分擔一部分因吸菸造成的健保損失。菸捐也提撥用於疫苗接種、補助新生兒聽力篩檢，以及提供罕見疾病及發展遲緩兒醫療服務。在成人健康方面，用菸捐推動癌症篩檢，101年就因而篩檢226萬人次，成功搶救3萬人生命。另，補助設立8家癌症卓越研究中心、補助17偏鄉醫院成立24個急重症照護中心，有效提升醫療品質和偏遠地區照護。在社會福利方面，菸捐支撐了全國所有公立(13家)收容機構之營運費用，使失依的老弱少幼得到適宜且持續的照顧。另更補助44.6萬弱勢民眾的健保費。此外，菸捐亦有效大幅減輕政府與全民之財政負擔，以70%分擔健保安全準備金為例，91至101年共獲挹注1,691億元。使健保得以在多年未調漲保費之情況下，仍能維持運轉，且亦承擔了調漲保費時政府須負擔約34％（91年至101年合計約575億元）、企業須負擔約29％（91年至101年合計約490億元），以及民眾須負擔約37％（91年至101年合計約626億元），菸捐用於福國利民，其意義重大。