針對部份媒體稱衛生福利部國民健康署干預公務員飲用含糖飲料之行為，國民健康署提出書面說明，指出係以公文建議避免以“公帑”供應有礙健康之含糖飲料，並未涉及公務員個人之自費購買或消費行為。
該署表示，行政院曾於98年2月27日以院授人考字第0980061078號函示：「為力行儉約並求合宜，各機關之會議仍以不供應餐點為原則，惟如會議時間較長影響用餐時間或邀請外部專家學者、外賓與會，或性質較為特殊者，則可由各機關視實際需要於預算額度內提供點心、水果或餐盒」，即是針對來自納稅人之政府公帑，指出應本於儉約原則使用；僅於必要狀況下，提供必要之餐點。該函示並未提及休閒性含糖飲料是否屬於必要時可使用公帑購買之範圍。該署近期於此基礎上，加入健康原則，發文呼籲提醒，「為落實公僕好體能，行政好效能，各機關(構)學校召開會議及辦理活動，請避免供應含糖飲料。」明確指出避免提供含糖飲料，乃是希望公帑最好用於正面、健康的方向，避免使用公帑去購買及供應有害健康的飲料，更重要的是，避免參加會議或活動的人，無從選擇的暴露在政府供應的健康危害下。惟，該公文很清楚是針對公費供應之飲料加以建議，並沒有涉及公務員之自費購買或飲用行為。而且，僅是「籲請避免供應」，並沒有強制、禁止、或罰則。對於部份媒體錯誤報導為不讓公僕喝含糖飲料，引起許多公務員誤會，該署希望錯誤的報導應儘速更正，切勿再以訛傳訛。
有鑑於不健康飲食、肥胖與運動不足，造成國人大腸癌、乳癌發生率快速上升，心臟病死亡率亦上升成為第二號殺手，且公僕壓力大、經常久坐，這些都是癌症、心臟疾病、肥胖、糖尿病等之危險因子，該署乃於癌症防治會報建議政府採行「健康採購」，避免公僕經常遭受到不健康的餐飲供應、無從選擇、甚至欠缺相關之正確認知，同時，亦希能帶動風氣，進而鼓勵食品與餐飲業者改良其產品，增加健康、減少危害。經研議後，從非屬必要、危害明顯且定義較清楚的含糖飲料開始，呼籲避免購買。
國民健康署表示，攝取含糖飲料，不僅會造成肥胖、代謝異常與齲齒，亦會引起胰島素快速分泌，造成血糖與情緒不穩，並會增加心血管疾病風險；加上上班族久坐、高壓力的工作型態，過勞死之危險大增，不僅影響體力與體能，間接亦影響公務人力之總體效率以及增加健保支出。為增進上班族健康，國民健康署與勞委會共同推動健康促進職場，發展支持健康的政策，減少存在於職場中的健康危害，營造有益健康的環境，提供更多有益健康的選擇。
國民健康署表示，含糖飲料不僅無法解渴，熱量更不可輕忽，1杯700毫升的珍珠奶茶有的熱量高達550大卡，相當於28顆方糖的熱量，攝取過多熱量，造成過重及肥胖，增加慢性疾病的罹患風險。依據衛生福利部「國民營養健康狀況變遷調查」結果顯示，成人平均每日攝取含糖飲料熱量141大卡、高中生為200大卡、國中生為156大卡、國小生為119大卡。
依據世界衛生組織肥胖指南的資料顯示，最主要的與肥胖相關的疾病（相對危險性大於3）包括糖尿病、代謝症後群、血脂異常等；其次（相對危險性在2-3之間者）為高血壓、高尿酸血症/痛風、骨性關節炎、和冠心病等；再其次（相對危險性在1-2之間者）為乳癌、子宮內膜癌、結直腸癌、不孕症等。
衛生福利部國民健康署為力行儉約及保護公務人員健康，建請政府各機關召開會議及辦理活動，避免供應含糖飲料，減少製造健康危害，也珍惜公務人員健康，降低心臟病之威脅，落實「公僕好體能、行政好效能」。也希望透過政府機關帶動健康採購的社會風氣，進而引導業者改善產品，發展健康產業。