有關媒體報導幼童接種卡介苗發生不良反應之事件，疾病管制署表示，我國監測資料顯示卡介苗骨髓骨炎發生比率約百萬分之56，較世界衛生組織估計的百萬分之700為低，依據資料顯示：平均發病年齡約為接種後6個月至2年，因此家長對於接種過卡介苗之幼童於年齡2至3歲間，倘出現骨髓炎的症狀(例如：局部腫脹、肢體無力、步態不穩等)，即應儘速帶該幼童至小兒科進行診療評估，並於就診時告知醫師卡介苗接種時間，以提醒醫師於診療時將該因素納入評估。
疾管署指出，除了北歐、加拿大之外，我國是目前少數主動監測卡介苗不良反應的國家之一，監測資料顯示我國不良反應發生率確較世界衛生組織估計的為低。而衛福部結核病防治諮詢委員會議亦建議，即使有少數嚴重副作用的發生，權衡結核病在幼童有致死及導致失能的嚴重後果，建議仍應依照世界衛生組織的建議，按時程接種卡介苗。目前國內接種的卡介苗均由本國自行製造，每年製備約2萬4千瓶(30劑量/瓶)，因其為活菌疫苗，故須避光且開瓶後必須於2小時內使用，倘未使用完，即須丟棄，而施打卡介苗者皆須為接受過訓練之護理人員。
疾管署說明，由於卡介苗是減毒活菌疫苗，部分兒童在接種後，可能發生局部膿瘍、淋巴結炎等較常見但不嚴重的不良反應，極少數幼童可能發生較嚴重的副作用，如：骨炎、骨髓炎等。以上的副作用由於是減毒疫苗株造成，經過醫療照顧後，幼童多半能恢復正常生活。
該署表示，接種卡介苗是為避免幼童發生結核性腦膜炎及散發性結核病所造成的死亡或終生殘疾。研究顯示，未接種卡介苗的幼童較接種卡介苗者罹患結核性腦膜炎有16倍的風險，可見卡介苗能有效保護幼童免於發生結核性腦膜炎，並間接降低幼童死亡率，目前日本、新加坡、南韓、泰國、越南等鄰近國家，均實施全面性接種卡介苗。
疾管署表示，倘若不幸因接種卡介苗後引起不良反應，衛生單位將會主動進行瞭解及協助，以協助孩子恢復健康為首要目的。若有個案因接種卡介苗引起不良反應，衛生單位會將協助家屬依「預防接種受害救濟基金徵收及審議辦法」申請救濟，儘速提供民眾獲得到適當的協助與實質的救濟。再次呼籲，為保護幼童健康，並避免產生相關疾病的後遺症，仍應按時接種卡介苗，遠離結核病的威脅。