針對主婦聯盟等團體，對於基因改造黃豆之品質及安全有所疑慮，要求學童午餐禁用基因改造黃豆，食品藥物管理局除感謝該等民間團體長期以來關注國內食品安全議題，提醒了衛生機關應更加努力維護國人飲食安全之職責，該局並鄭重表示，用於食品之基因改造黃豆皆通過安全審查，農藥殘留標準亦是評估國人經取食安全無虞後訂定。
衛生署為審查基因改造黃豆，邀集相關領域專家學者組成「基因改造食品諮議會」（由分子生物、農藝學、農業化學、毒理學、免疫學、營養學、生物化學、微生物學、醫學、生物技術及食品科學等相關領域專家學者組成），依據基因改造食品之安全評估方法，逐案專業審查，其審查之重點包括產品的毒性、過敏誘發性、營養成分等等，也同時參考先進國家對該基改黃豆安全性評估結果，最後針對每件申請案加以檢驗，確認轉殖基因之表現情形，整體確保其食用安全，才會發給許可。目前核准計有12件基因改造黃豆，皆公布於衛生署食品藥物管理局網頁(http://www.fda.gov.tw)。衛生署每年監測250件以上食品，皆未有未經查驗登記許可之品系。
對於報導中所述政府將嘉磷賽除草劑於基改黃豆殘留容許量提高，且高於毛豆及稻米，食品藥物管理局表示，黃豆的嘉磷塞殘留容許量自93年公告迄今(102年5月)未修改過，而嘉磷塞在各種農作物之殘留容許量差異，係由於藥劑使用方式不同，經參考國際間標準，且評估國人經取食安全無虞後訂定。台灣對於黃豆殘留嘉磷塞殘留容許量為10ppm，與CODEX國際規範或歐盟美國及日本標準20ppm相比，已更為嚴格，且不論基因改造或非基因改造皆一體適用。