有關某國外網站將國民健康局的局徽列入易引人誤會的十五個標誌之一，國民健康局說明如下：
衛生署國民健康局係整合原行政院衛生署保健處、公共衛生研究所、家庭計畫研究所及婦幼衛生研究所四個部門，於90年7月12日成立。 為讓「珍愛生命 傳播健康」的理念及該局的業務執掌，讓民眾有進一步的了解，所以，透過公開徵求活動，邀請各界參與局徽的設計。
90年8月間公開徵求時，計有112件作品參加評選，透過傳播領域專家學者與該局代表評選，優勝作品即為目前的國民健康局局徽。其創意理念說明如下： 一、以國民健康英文字首「BHP」作為局徽設計的主要元素，構圖簡潔易明。 二、運用三個字母構成，三人互相關懷且展現出 「珍愛生命，傳播健康」的意象。 三、徽誌以圓為外形，表示天圓地方，象徵本局推展業務無遠弗屆的精神。 四、局徽以「黃綠」，代表國人健康和諧與歡喜的涵義。以「綠色」表示全民健康成長和活力的象徵。
國民健康局指出，局徽中，三個人在一起有三人成眾的意思，也有增進健康（Promotion）、預防疾病（Prevention）及安全防護（Protection）的意涵。國民健康局表示，雖然該圖案有其嚴肅意涵，然而外界已屢次反應其圖像似有不雅之嫌。因此，因應政府組織再造，該局已預為準備徵求設計新的徽誌，日前第一次徵求時廢標，目前已第二次上網公告(5月15日截止，詳見公共工程委員會網站)，歡迎各界踴躍投標，設計出能展現促進健康及預防疾病意涵的logo。