菸品健康福利捐取之於菸害，用之於全民之健康與福利。其使用悉依衛生署及財政部共同訂定之「菸品健康福利捐分配及運作辦法」辦理，其預算須循政府預算程序，經立法院審查通過，且其執行與決算，須受主計與審計單位之審查及查核。依相關法令規定，菸品健康福利捐分配於:全民健康保險安全準備(70%)、癌症防治(5.5%)、提升醫療品質(4%)、補助醫療資源缺乏地區(2.5%)、罕見疾病等之醫療費用(2%)、經濟困難者之保險費(6%)、中央及地方之菸害防制 (3%)、衛生保健(3%)、社會福利 (3%)、私劣菸品查緝與防制菸品稅捐逃漏(1%)、菸農及相關產業勞工之輔導與照顧（詳如附件）。菸品健康福利捐分配及運作辦法並明文規定，各受分配機關或配款項之運用，應納入其主管之單位預算採收之並列方式辦理或其主管之特種基金循預算程序辦理，並建立完善之管理機制。有報導稱菸捐變成國民健康局小金庫，實為偏差錯誤之說法，特予更正。
衛生署表示：國民健康局雖為菸害防制法之承辦機關，負責菸捐調漲之法制作業，然而，菸品健康福利捐之分配，係依相關法令辦理，且涉多個局處與跨部會業務，國民健康局業務僅佔一成，且其分配亦非由該局決定。現行菸品健康福利捐之收入中，使用於民眾健康促進領域、屬國民健康局主管者，約一成，僅10.3％，包括推動菸害防制、婦幼衛生、中老年慢性病防治、癌症防治及罕見疾病患者之照護。
衛生署指出，菸品健康福利捐雖為專款專用，然其配撥到各部會、各單位後，其預算流程、執行與管理審計，與所有政府預算並無任何不同。
衛生署表示，政府各部門所有預算，悉依預算法辦理，全部必須先經過行政院主計總處審核後，送請立法院審議通過，決算亦受行政院主計總處、審計部及立法院監督，所有菸品健康福利捐之使用亦然。其程序為: 各使用部門依據預算法及中央政府總預算附屬單位預算編製作業手冊編製概算，經行政院主計總處審核後，送交立法院審議。至於預算之執行，則依據相關主計法規(預算法、會計法、內部審核…等相關法規)及中央政府附屬單位預算執行作業手冊進行，於執行前後均須接受各上級機關(例如:衛生署)、行政院主計總處及審計部之監督與查核，決算完成後送行政院主計總處及審計部，由行政院主計總處彙編後送監察院，並由審計部完成審核後提送立法院審查。
衛生署表示，該署各基金皆設有審議小組。以國民健康局為例，其獲分配之菸品健康福利捐，係納入菸害防制及衛保健基金中，除接受前述多方監督外，衛生署另設有專責審議小組，辦理該基金之審議作業，該小組置委員十七人，由有關機關、民間團體及專家組成，辦理工作計畫及預算之審議，委託或補助計畫之規劃及審查事項，以及執行績效之檢討與評議，故該基金之使用在監督上是相當嚴謹。
至於外界質疑對於民間團體之補助是否有寬鬆或浮濫之虞? 衛生署表示，各預算(包括菸害防制及衛保健基金)對於民間團體及個人之補（捐）助，係依據中央政府各機關對民間團體及個人補（捐）助預算執行應注意事項、行政院衛生署補(捐)助款項會計處理作業要點、菸害防制及衛生保健基金審議作業要點進行審查及補助；並依前開規定，於執行後，並須將原始憑證連同收支明細表，彙送機關審核，並按季於機關網站公開，且年度補助報表均依規定報上級機關(例如衛生署)、行政院主計總處及審計部，故補助案件均有層層嚴格把關及接受監督。
衛生署國民健康局說明，有關於補助民間團體推動健康相關活動，係因慢性疾病已占國人死因的八成，而其主要成因，與男女老幼民眾之生活型態，包括使用菸、酒、檳榔、運動不足、飲食不健康和肥胖等，息息相關，而其改變，除了健康環境的形塑，亦需要透過各民間團體之社區活動，深入基層各角落與各面向，才能接觸到更族群的青少年、婦女、老人、勞工、以及偏遠地區民眾等。而且，衛教主題若太過教條、單調，往往難以引起民眾興趣，因此，有時亦須將嚴肅枯燥的衛生教育，融入其他活動之中(例如:菸害宣導與青少年喜愛之運動、舞蹈結合；檳榔宣導與廟會活動結合等)，才能有效將觸角延伸到目標群體，也因此，各部會預算中，本來即有補助民間團體進行宣導等之項目，且皆須依據前述法令審查、執行及核銷。國民健康局表示，該局為從嚴管控補助流向與成效，補助之項目多以印製宣導單張、海報、教材、手冊、講師費等為主。
衛生署重申，菸品健康福利捐與一般稅收之不同，僅在於:「捐」為專款專用。至於配撥到各部會、各單位後，其預算流程、執行與管理審計，與所有政府預算並無任何不同。