針對「今周刊」雜誌第847期刊載「台灣法條規範嚴格 政府卻放任不作為」一文，報導政府僅針對經認證之「健康食品」的廣告有嚴格管理，對一般食品則無管理作為等情事，食品藥物管理局除感謝該雜誌長期以來藉由其平面媒體平台，關注國內食品衛生管理議題，並提醒了衛生機關應更加努力維護國人飲食健康之職責，該局並鄭重表示，無論是經過政府審查通過之「健康食品」，亦或是一般食品，其產品之宣稱或廣告內容，均須遵守食品衛生管理法及健康食品管理法之規定，衛生機關必定會嚴格查察，涉有不法者亦依法處辦，絕非放任不作為。
針對該文內容指出，美國保健食品法規與我國不同乙節，食品藥物管理局表示，美國對於膳食補充品之管理，係對於具有特定保健成分能有「健康宣稱」(health claim)，非該文內容所述，任何保健食品都可以宣稱功效。於我國亦對於一般營養素，可敘述其生理功能，並公布「食品標示宣傳或廣告詞句涉及誇張易生誤解或醫療效能之認定基準」，供各界參循，除健康食品外，一般食品均不得宣稱保健功效。
有關內文指出，美國FDA要求膳食補充產品必須符合「良好生產規範」(Good manufacturing practices, GMP)標準，台灣健康食品則無明文強制規定乙節，食品藥物管理局表示，我國對於健康食品之生產管理，除產品須符合衛生法規之要求外，依健康食品管理法第10條，明訂健康食品之製造，應符合良好作業規範。並依同法條對於該規範之標準，訂定「健康食品工廠良好作業規範」。食品藥物管理局自99年成立以來，每一年均以專案計畫執行健康食品工廠良好作業規範查核，並監測健康食品產品保健功效成分、含量、衛生及營養標示等符合性，確保健康食品安全衛生及品質。
一般食品廣告倘有不實、誇張或易生誤解之情形，依食品衛生管理法第32條規定可處新臺幣4萬元以上20萬元以下罰鍰，並應按次連續處罰至其停止刊播為止，衛生機關現係以「一行為一罰、累犯重罰」原則，落實於違規案件之處辦，故亦有食品廣告因連續違規，罰鍰總金額高達數百萬元。除此，如食品廣告未取得健康食品認證，宣稱健康食品保健功效，按健康食品管理法第6條規定可處三年以下有期徒刑，得併科新台幣100萬元以下罰金。是以，報導所述「罰鍰過輕，不符比例原則之情形」與現行法令規定與衛生機關執行實際情形顯有落差。
食品藥物管理局進一步表示，為有效淨化違規廣告，99年3月底，行政院成立跨部會「偽劣假藥聯合取締小組」，除由衛生機關重處廣告業者外，並由媒體主管機關請各媒體及相關公協會嚴加把關，拒絕刊登經衛生主管單位認定涉及違法之廣告。101年1~12月衛生機關處分違規食品廣告共計3,546件，罰鍰金額高達1.15億元，而廣告違規率亦由小組成立前，99年1月的14%，下降至101年12月的4.7%，成效顯著。
為徹底杜絕惡意違法者，食品藥物管理局已研提食品衛生管理法、健康食品管理法等廣告管理相關法條規修正草案，從廣告行為及產品約束上，更加重業者及媒體之責任。