國民健康局表示，與世界肺臟基金會與美國癌症學會出版之2012年菸草地圖各國平均菸價（換算為新臺幣；含稅捐）資料相比（附件1），我國每包菸之平均菸價為70元，竟比泰國77元、馬來西亞99元還低，與中國大陸68元接近，至於先進國家，像挪威453元、愛爾蘭328元、紐西蘭311元、新加坡279元，均高達臺灣之4至6.5倍，若調整購買力再比較，則連中國大陸都比臺灣貴！無怪乎來臺觀光客喜歡買菸、而我國民眾出國也常等返抵國門才買菸！
然而，菸價過低，也使得我國即使努力禁菸, 吸菸率還是偏高,戒菸補助也乏人問津。台灣15歲以上男性吸菸率高達32.6%，遠高於加拿大（15.5%）、美國（18.6%）、紐西蘭(19.0%)、英國(19.4%)、挪威(22.5%)、新加坡(24.9%)，與我國菸價過低有關。近年，原本吸菸率偏高的日本、泰國、馬來西亞也已向上調高菸價，臺灣再不努力，青少年與女性即淪為下一波受害者！
國民健康局表示，菸害防制法明定，主管機關有定期檢討菸品健康福利捐之義務。依「菸害防制法」第4條規定，菸品應徵健康福利捐，其金額由中央主管機關及財政部每二年邀集財政、經濟、公共衛生及相關領域學者專家，依下列因素評估一次，包括：一、可歸因於吸菸之疾病，其罹病率、死亡率及全民健康保險醫療費用。二、菸品消費量及吸菸率。三、菸品稅捐占平均菸品零售價之比率。四、國民所得及物價指數。五、其他影響菸品價格及菸害防制之相關因素。其金額經評估結果，認有調高必要時，應報請行政院核定，並送立法院審查通過。
現行菸品健康福利捐每包20元，係98年6月1日訂定，迄今已近4年。衛生署業於100年及101年進行評估，101年9月專家會議結論為：基於國際菸價現況與菸害防制目標，我國菸害情況仍非常嚴重，而菸價過低、稅捐佔菸價比率亦過低；世界銀行建議菸捐應佔菸價的67％-80%，我國目前僅約54%，若欲達最低標，尚須調高至少27.6元。專家認為，菸捐有大幅調漲之必要；惟，考量實務面難以一步到位，建議衛生署可採分階段逐步實施，因此，評估結論為每包調高20元。
世界衛生組織建議，提高菸價為全球慢性病防治最具成本效益的最佳策略之一。依國民健康局2007年委託研究結果，菸捐調漲10元可減少7.73%菸品消費量及8.36%吸菸率；調漲20元可減少15.45%菸品消費量及16%吸菸率。99年菸捐調漲10元，成人吸菸率由21.9％降至20％，降幅達8.7％；紙菸總消費量由22億包降至19億包，降幅為13.6％。100年18歲以上成人吸菸人口約352萬人，若調漲20元將可減少56萬人吸菸；另，青少年吸菸人口約為20萬人，保守採用前項成人研究結果推估，如調漲菸捐20元，可減少3.2萬名青少年吸菸（其實青少年對菸價比成人更敏感）。調高20元，合計可減少約60萬人吸菸！
國民健康局指出，調漲菸捐對弱勢族群之健康保護最大。98年菸捐由10元調至20元，比較25-39歲男性吸菸率在97-100年間變化（附件2）， 25-39歲男性吸菸率由47.6％降為42.5%，降幅達10.7%，其中，教育程度低者，降幅最大：國中以下教育程度者，吸菸率由72.7%降到58.1%，降幅達兩成，而高中職程度者由55.5%降到51.3%、大專以上教育程度者由27.8%降到25.7%，皆僅下降原本之7.6%。
國民健康局表示，衛生署本身之權限，僅是就法律明訂其必須進行之菸捐額度評估與行政流程，執行其法定義務。其實，「捐」與「稅」皆可達到以價格抑制吸菸的效果。但菸稅屬財政部權責，衛生署對財政部權責及民間團體之意見，表達充份之尊重。
國民健康局說明，屬性上，「捐」是「專款專用」；菸害防制法第4條規定，菸捐用於全民健康保險之安全準備、菸害防制、衛生保健、癌症防治、提升醫療品質、補助醫療資源缺乏地區、供罕見疾病等之醫療費用、補助經濟困難者之保險費、社會福利、私劣菸品查緝及防制菸品稅捐逃漏、菸農及相關產業勞工輔導與照顧等用途。菸捐收入用於加強菸害防制宣導、預防青少年吸菸、幫助吸菸者戒菸以及查緝私菸等,會與價格策略達到相乘效果，加速吸菸率下降。此外，吸菸行為不僅是自己與家人受害，還有外部性，會造成健保每年超過300億的額外損失，因此菸捐也有很大一部份用於健保安全準備金，乃是彌補全體國民幫吸菸者負擔的健保費。
至於調高菸品稅捐，是否會導致走私菸更為猖獗？依各國經驗顯示，走私猖獗與否，取決於查緝強度，而非稅捐高低。以歐洲為例，西班牙、義大利的菸稅較其他國家低，走私卻較為嚴重。我國目前每年即從菸捐提撥約3億元作為私菸查緝之用，若調高菸捐，有更充足經費加強查緝，不僅可防堵非法走私菸品，亦可同時查緝其他非法走私物品，有助改善社會治安與貿易秩序。