疾病管制局為加強地方衛生單位結核病防治，以競賽獎勵方式，鼓勵各縣市衛生局爭取在地經費及整合人力資源全面動員，積極主動發現病人，提高個案追蹤管理績效，降低轄內結核病發生率。2012年的競賽成績結果，台南市、苗栗縣、連江縣、台東縣及花蓮縣(花東2縣併列第1)，分別獲得各組第1名。

疾管局表示，由於全國各縣市的資源條件不同，依據結核病發生率、人口數、醫療資源不同等，將22縣市衛生局區分為A、B、C、D四組進行評比。評比項目包括「發生降幅」、「治療結果」及「高危險群主動發現比率」三項，指標的結果可看出該縣市去年一整年對於結核病的投入資源及防治程度，每項成績均不易獲得，各組前三名分別為A組：台南市、桃園縣及高雄市；B組：苗栗縣、宜蘭縣及彰化縣；C組：連江縣、嘉義市及新竹市；D組：台東縣、花蓮縣(併列第1)及南投縣。為獎勵上述衛生局，疾管局將於今(102)年4月16日假台南市舉辦之「全國防疫會議」頒獎，給予高度肯定。

自2005年推動國家結核病十年減半全民動員計畫，在中央與地方政府之合作下，我國發生率已自2005年每10萬人口72.5例下降至2012年53例，降幅約27%。疾管局表示，結核病防治的成果除了推動全國性都治計畫、潛伏性感染治療計畫及建置多重抗藥性結核病患醫療照護體系等發揮顯著的成效之外，地方政府也同步齊心結合地方資源，因地制宜的落實推動防治作為，亦功不可沒。

疾管局表示，除離島外，臺灣各縣市的疫情差距甚大，其中，發生率每10萬人口超過90例的仍有屏東及台東縣，而新竹市及苗栗縣之發生率已低於每10萬人口36例，除了個案管理的落實外，各縣市應依其當地疫情而採取不同的預防及防治重點。

此外，雖然台灣幅員不大，但都會地區與山地鄉、部分農業縣市人口老化所面臨的結核病防治有極大差異，都會區因人口密集及密閉的工作/住家環境，極易傳播；人口老化易發生結核病及其他慢性病等問題，山地鄉族群之高發生率等問題，都需要中央和縣市一起克服解決，才能達成結核病10年減半的目標，維護國人健康。