健保署辦理藥價調查時，如藥商涉不實申報情事，例行性會與各地地檢署共同進行查核，並提供地檢署相關業務之協助，結果確認後再依健保法相關規定辦理。
有關報載彰化地檢署偵辦彰化秀傳醫院案件，本署依上述原則已提供地檢署相關業務協助，其案情均在本署與地檢署掌握中，本案件已進入司法偵查程序，基於偵查不公開規定，本署無法提供相關案情說明。
歷年來本署配合各地地檢署偵查案件計有9家地檢署，31家廠商已查核，並已依健保法規定辦理，98年迄今對於健保節省費用支出約198.6億元。