健保開辦之初，因外用軟膏、顆粒劑以及內用液劑，由藥廠直接供應之小包裝規格，無法全部滿足醫療上需求，故醫療院所會將大包裝藥品分裝成小包裝後交給病患使用，健保也讓醫療院所申報分裝後藥品之費用至今。
分裝藥品有諸多缺點，包括在醫院藥局或診所內並無如同藥廠應有的高規格製造環境，易造成不同藥品之交叉污染、細菌或黴菌等微生物汙染、劑量準確性也不易掌握、分裝後藥品之有效期限因未加以試驗確認，醫師、藥師、病患也都不知道該藥品可存放多久、又如有多項藥品混合時，其均勻度亦無法掌握、因該分裝後藥品通常也無完整包裝，無法提供患者用法、用量、名稱及注意事項等資訊。另外，醫療院所申報藥品費用之正確性也不易稽查。
健保署為提升民眾用藥品質，已階段性實施藉由提高交付原瓶包裝液劑之藥事服務費，並在進行藥價調整時，對原瓶口服液劑及口服鋁箔小包(顆粒劑、粉劑、懸浮劑)設定基本保障價，鼓勵醫師處方，同時也請廠商依臨床實際需要生產可用原包裝交付之常用量包裝藥品，目前所有藥品之規格量已能符合臨床需求。
分裝藥品健保將不再給付之決定，已於本 (103)年8月份召集包括醫界、消費者、藥界及專家學者共同討論的會議上取得共識，為讓藥品廠商及醫療院所有足夠時間處理即將取消給付之藥品，這項措施將於明 (104)年1月1日開始實施。