有關報載邱議瑩委員質疑國民健康署“推出一個只有邱淑媞畫面的廣告”乙節，國民健康署表示，事實並非如此，特別提出書面說明。
國民健康署表示，邱議瑩委員所指的，應是日前播出的肝病防治廣告。國健署指出，雖然機關首長本身即擔負有政策宣導、倡議之職責，是可以單獨或與其他人一起出現在廣告，為政策辯護或說明的，然而，基於該廣告內容係根據邱署長與多位肝病防治之權威專家、民間團體共同開會所研擬出的宣導重點，乃力邀這些肝病防治專家共同參與拍攝，計有: 中央研究院陳建仁副院長、陳定信院士、陳培哲院士，及肝病防治學術基金會許金川董事長、李壽東教授等共同公益代言，內容完全是針對肝病防治所做的專業宣導，並已清楚註明為廣告。另，國健署亦有製作宣導海報，海報內容亦是多位專家共同參與宣導。邱議瑩委員質疑該廣告只有邱署長一人，恐係誤解，並非事實。
另國民健康署邱淑媞署長於9月5日登記參選宜蘭縣縣長，登記後開始請長假。邱淑媞署長為事務官，也就是國家常任文官，而非政務官，因此，係依公務人員行政中立法規定，請假參選。國健署指出，邱署長本於公私分明，過去以來只要遇有些許涉及選舉的狀況，即會辦理請假，並仍以手機、電子信箱等通訊管道，與署內保持聯繫，且對於重要輿情、立委關心事項、以及重大業務等，均仍親自指導、處理。國健署說，邱署長請假均依公務人員請假規則辦理，事假超過5日的部份，皆依規定扣薪。