為解決刑罰與行政罰牴觸之問題，本署已會商相關部會並研擬食安法修正條文草案，將儘速提出行政院版本送交立法院審議；就消費者因果關係證明責任部分，依現行食安法之規定，消費者於不易或不能證明其實際損害額時，仍得請求賠償，某程度已減緩對消費者舉證的衝擊，因果關係舉證部分亦在積極研議中。
為解決食安法中刑罰與行政罰競合之問題，目前本署已與法務部等相關單位會商討論，如何解決一事二罰之疑慮，一方面修正食安法中法人罰金刑之規定，另一方面則大幅提高罰金及行政罰鍰額度，以達遏阻違法之效果。
另有關舉證責任的部分，消費者對於消費爭議中之損害需先提出，如無法提出者，依現行食安法之規定，消費者可請求5百到3萬元的賠償，已減緩消費者舉證的衝擊。對於因果關係之舉證責任，考量食品自消費者攝入至損害之產出，除時空因素外，尚有個人體質所生物理及化學變化、交叉不同飲食，亦可能有其他致病因子，其造成損害之因果關係極為複雜，不宜一概擬制認定具有因果關係，另僅針對食品另立「舉證責任轉換」不同於其他商品之規定，亦恐影響現行整體民事賠償體系。
另本部已依據修正「食品安全衛生管理法」之附帶決議，刻正進行「食品安全事件之消費訴訟舉證責任反轉機制研究」，目前研議方向係蒐集美國、歐盟、日本、新加坡等外國立法例，進行比較分析，預計將於9月底及10月召開兩次會議，邀集相關公協會、消費者保護團體、行政機關及專家學者，透過舉辦座談會之方式，針對「食品安全事件之消費訴訟舉證責任反轉機制」進行評估。