我國對於基因改造食品，係依據食品安全衛生管理法嚴格管理，除須符合各項食品安全衛生規定外，基因改造食品原料必須經過安全性評估，取得查驗登記許可，始得供作食品原料。於103年2月5日食品安全衛生管理法修正前，倘有用於食品中而尚未辦理查驗登記之基因改造食品原料，例如供作榨油的油菜籽、棉花籽等，應於105年2月5日前完成辦理。食品藥物管理署強調，基因改造食品原料業者，應依?基因改造食品之安全性評估方法?備齊相關文獻資料，儘速向該署申請查驗登記審查。
基因改造食品原料查驗登記係採?源頭管理?之概念，通過審查許可之含特定轉殖品系之基因改造食品原料，始可進一步製造、加工成為食品。以黃豆粉、分離大豆蛋白與濃縮大豆蛋白為例，其應辦理查驗登記的是該產品的原料—基因改造黃豆作物榖粒。
業者倘若使用非經該署查驗登記許可之基因改造食品原料，將涉及違反食品安全衛生管理法第二十一條第二項，依同法第四十七條處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰；情節重大者，並得命其歇業、停業一定期間、廢止其公司、商業、工廠之全部或部分登記事項；另其產品及以其為原料之產品，依同法第五十二條，應予沒入銷毀。