衛生福利部食品藥物管理署(以下簡稱食藥署)再次表示，該署依據103年2月5日修正公布之「食品安全衛生管理法」，正在擬定草案，將新增食品添加物及散裝食品之含基因改造食品原料標示規定，並維持包裝食品中，使用含基因改造食品原料，就必須強制標示之規定。
非基因改造食品原料之非故意摻雜容許量，擬由5%調整至3%，係根據103年4月29日由產官學民共同參與之專家會議，全面考量消費者權益、糧食供應及政策可行性等因素，所建議之結論。所謂非故意摻雜率是指「非」基因改造食品原料，可能因非故意、偶發性且無法預防之因素，如：採收、儲運，而摻雜到基因改造食品原料，因此，國際上會訂定非基因改造食品原料之非故意摻雜容許量，以利實務管理。
食藥署嚴格管理基因改造食品，食品所含之基因改造食品原料非經衛生福利部查驗登記發給許可，不得供作食品原料，所以規定強制標示並非安全性考量，而是為了保障消費者知的權利，給予消費者選擇的自由。
衛生福利部刻正與經濟部、財政部等研商增列專屬輸入稅則號列，並已預告基因改造食品原料之食品輸入業者應建立食品及相關產品追溯追蹤系統草案，以便自源頭加強管理，同時持續強化基因改造食品標示符合性之監測，完善基因改造食品之上、中、下游管理，兼顧食品安全管理及消費者知的權益。