為優先考量國人飲食安全，針對日本輸臺食品，衛生福利部食品藥物管理署(以下簡稱食藥署)自100年3月14日起，與行政院原子能委員會第一時間共同合作，加強自日本輸入食品查驗措施，且於102年11月8日起，每日公布輻射檢測結果，至103年4月9日共計檢測5萬餘件日本輸臺產品，其輻射值檢測結果皆符合日本及我國標準，已確實為民眾飲食安全把關。
目前我國嚴格禁止福島等5縣生產製造之所有食品輸臺，對於福島縣外其他地區生產之8大類食品及茶類，持續於我國邊境採取逐批取樣進行輻射檢測，檢測合格始得進口。我國「食品中原子塵或放線能污染安全容許量標準」中，碘131輻射標準為300貝克/公斤，銫134與銫137總和標準為370貝克/公斤，與美、歐盟及CODEX標準相當或甚至更嚴格(詳如附表)。此外，自101年4月1日起，日本調整銫之限量，一般食品為100貝克/公斤、乳品及嬰兒食品為50貝克/公斤、飲料及水為10貝克/公斤。我國因應日本新修訂之限量規範，於邊境查驗時採取從嚴認定，必須同時符合雙方標準始得輸入。
為落實源頭管理，食藥署基於科學實證精神，針對有微量輻射檢出之茶葉品項，特於100年12月增列為逐批查驗品項，並積極與日本進行諮商溝通，強烈要求日本應注意其輸臺茶葉檢出輻射殘留之問題。其後，日本輸臺茶葉輻射檢驗全數合格，檢出件數從102年1月共4件至103年3月有下降情況，同時日本輸臺茶葉輻射檢出值亦有降低趨勢 (44.1Bq/Kg→0 Bq/Kg) ，顯示日方有監控其輸出產品之安全性。我方邊境亦將維持逐批查驗措施，並持續與日方協商請其加強監測輸臺茶葉輻射量。又針對源頭管理之強化，與日本多次諮商後，雙方達成共識，預計於103年5月起展開「台日交流合作計畫」，將針對日本輸臺食品，風險性較高之產品，如活生鮮冷藏水產品、冷凍水產品、乳製品、嬰幼兒食品、茶類、肉品及加工食品等，須檢附日本官方輻射檢測報告，供我國邊境進行檢查及比對，作為後續邊境查驗機率調整之參考，以有效加強源頭管理。
食藥署持續與駐各國代表處保持聯繫，即時掌控各國食品輻射安全情形、輻射管控標準訂定以及各國對日本輸入食品之管控措施等資訊，並進一步評估國內邊境管控措施之合理性及有效性，以確保輸入食品安全與民眾身心健康。