食品藥物管理署（簡稱食藥署）表示人用藥品與動物用藥品應分流管理，動物與人之生理機制、作用機轉不同，有關人用藥品可否供非經濟動物使用，以及人用藥品之劑型、劑量使用於非經濟動物而產生代謝、毒性等安全考量，涉獸醫診療專業，係屬農委會防檢局之專業與權責。農委會防檢局所提「獸醫師專案申請人用藥品治療動物之暫行替代品項」，業經農委會防檢局及專案評估小組進行評估，就此評估，食藥署謹予尊重。
非經濟動物使用人用藥品，需有審核評估、販賣、流通、使用、管理及其應遵行事項之辦法，食藥署可協助農委會防檢局建立非經濟動物使用人用藥品評估管理機制，以保障動物褔利，兼顧人用藥品之流通。
「動物保護法」部分條文修正草案，業已送交立法院進行審查，明定於動物用藥不足時，獸醫師得使用人用藥物治療犬、貓及非經濟動物疾病，係為未來動物用藥缺乏之情況下，使用人用藥物治療非經濟動物疾病之法源依據。食藥署建議農委會防檢局應儘速推動完成動物保護法修法作業，期能以法制化方式解決目前非經濟動物缺乏藥品之現況，且未來動物保護法修正修法完成後，食藥署將視條文內容，配合辦理相關行政作業。