健保三高用藥品質經健保署多年監測與管控已有明顯改善。觀察99年至102年（至第三季）三高用藥日數重疊率，每年平均降幅達5%至10%。
門診慢性病用藥占健保藥費支出約近50%，為確保病人用藥安全與減少藥費支出，健保署自95年起將使用量較多之高血壓、高血脂、糖尿病等三高藥品，於跨院所同類藥物之用藥日數重疊率納入監測管理指標。這些指標資訊，除每季上網公開外，並透過健保資訊網服務系統(VPN)回饋給醫療院所，供其瞭解自身與同儕之指標數值，另健保IC卡也提供病人長期處方箋開立資訊，讓醫師處方前可以查到病人在他院所處方之情形，作為提醒醫師避免用藥重複之參考，經多年監控，三高用藥重疊率已有改善，99年至102年（至第三季）年平均降幅，口服降血壓藥物在醫院下降5.3%、基層診所下降7.1%；口服降血脂藥物在醫院下降6.3%、基層診所下降4.9%；降血糖藥物(不分口服及注射)在醫院下降8.9%、基層診所下降10.3%（詳附圖）。
由於臨床上醫師對病人病情適當評估後，是有可能對同類藥物給予不同劑量或不同化合物處方，或病人為配合門診時間、提前取藥備用，或因病人藥物遺失、外出旅遊漏帶藥等等而再處方給藥，故以健保醫療費用申報資料統計之處方重疊情形，無法直接判斷為不當處方，但能提供醫師作為用藥參考，為民眾用藥安全多一道把關。