「食品安全保護基金」甫於本(104)年啟動，為監督基金之執行與運用，衛福部依食品安全衛生管理法第56條之1第4項規定，由學者專家、消保團體、社會公正人士共14人組成「食品安全保護基金運用管理監督小組」，監督基金之補助業務。委員名單均公布於食藥署網站，並依行政程序法規定，簽署並嚴守利益衝突迴避。
監督小組於本年6月5日召開第1次會議，又於7月31日召開第1次臨時會議，共審查核定3件由消費者保護團體提起之消費訴訟，由食安基金予以補助律師報酬及訴訟相關費用；針對大統長基偽摻油品團體訴訟案，就勝訴判決向法院聲請假執行所需之供擔保費用案，亦由監督小組會議決議予以有上限及有條件的補助。
監督小組會議並非公開會議之性質，迄今召開兩次會議之內容，除了基金經費之監督，均以審查食安事件提起團體消費訴訟之申請補助案為主。衛福部於每次會議紀錄核定後，均以發布新聞稿方式，將該次會議之重要決議事項向各界公布。
基金之經費預算，須依預算法等規定編列收入及支出，並經立法院之審查與監督。其每筆收入、支出均經會計作業逐筆查核，並受食安基金監督小組之監督，亦須於官方網站公布基金之預算及結算。
衛生福利部在此重申，食安基金之運用、管理及監督，依法由監督小組執行，並依規定公開基金之執行情形。透過召開食安基金監督小組會議，監督食安基金之運作，並審議各項補助業務，積極發揮食安基金之功能，落實消費者權益之保護，促進我國食品衛生安全管理之完善。