醫院評鑑主要目的在於確保「病人權益」與「醫療服務品質」，以讓民眾受到妥善之醫療照護。其意涵是醫療機構自我評值和接受外部同儕審查的過程，根據既定的標準來精確評值自我的表現，並訂出執行方案以持續改進健康照護制度。本部自92年起進行醫院評鑑改革，以打破病床規模及多元科別設置之迷思，病人為中心及重視病人安全為目標，落實以醫療品質及醫療服務成效為導向之評鑑制度。
醫院評鑑制度歷經多次改革，本（104）年起將實施更新一版之醫院評鑑制度（104年至107年適用）。新版醫院評鑑制度之改革目標係導入「以病人為焦點之查證方式（Patient Focus Method，PFM）」，藉由現場查證病人之照護流程，評核醫院之醫療品質，以降低干擾醫院日常作業，持續推行病人安全及醫療品質之促進，改革方向從「簡化」、「優化」、「日常化」著手。
醫院評鑑基準涵蓋經營策略、員工支持制度、人力資源與教育、安全的環境與設備、病人導向之服務、風險分析與緊急災害應變、病人及家屬權責、感染管制，以及醫療照護過程、品質與安全管理；其中更針對急診、加護病房、手術室及大量傷患處理等作業流程、人員訓練及品質要求，即在確保醫院能夠提供安全、即時處理能量，並有能力因應突發狀況。另要求醫院應重視員工關懷與支持照顧，包含工作環境、工作負荷、安全防護、健康與福利促進，以及完善的互助、支持及輔導機制，減輕員工面臨困境或醫療糾紛時之壓力。
此外，本部亦針對評鑑委員制度進行改革，已修訂評鑑委員遴聘要點，重新遴選、引進中生代之評鑑委員，加強評鑑委員之訓練，強化評鑑委員之評鑑方法、評鑑技巧，以及注重新版評鑑基準共識之建立。目前評鑑委員主要來自醫院，仍從事醫院實務作業，且具備豐富臨床、管理等經驗，於實地評鑑時能提供切合實務之建議與輔導，並就其背景與經驗，給予臨床人員支持與鼓勵，並藉由現場查證病人之照護流程，瞭解基層醫療人員的決策，讓評鑑重點由書面資料的佐證轉變為病人安全及照護系統實際面的評估，已確實減少醫院不必要之文書作業。本部並建構持續性監測制度，由醫院定期回報資料，可於平時監測醫院醫療品質相關數據，亦可大幅減少醫院文書之相關作業。
經多年努力，醫院評鑑已打破病床規模、科別設置之醫療品質分級迷思，並強調醫療品質、醫院功能為原則，透過瞭解病人整體照護過程以及醫院的宗旨來作評鑑，已從結構面轉為加強過程及結果面之評核，對於整體醫療品質之具體提升及醫療體系的運作，具有實質效益。醫院評鑑是確保醫療品質及病人安全的方式之一，期許能藉此協助受評醫院有效率的呈現實際作業情況與成效，並讓評鑑委員能客觀、有效的進行訪查，且提供醫院實質之改善建議，以持續提升國內醫療照護水準，最終獲益的是全國具醫療需求的民眾。因此請各界支持醫院評鑑之存在與價值。